吉林省一汽总医院擅长的科室有心内科、消化内科、神经内科、老年病科等。
1、心内科
吉林省一汽总医院心内科是一汽总医院重点特色专科，是市重点专科，是一个技术力量雄厚、设备优良的临床科室。近年来心内科以规范化治疗为标准，以新技术新项目为依托，强化医疗质量和服务质量，在各种心血管疾病，如高血压、冠心病、风湿性心脏病等心内科常见疾病及急危重症的诊治方面取得了长足进步，获得广大患者的赞誉，取得了良好的社会效益。同时心内科十分重视科研及教学工作的开展，近年来完成科研项目7项，发表专业论文百余篇。
2、消化内科
吉林省一汽总医院消化内科是省级重点专科，已经建设成为综合实力较强，具有明显的学科特色，在省内有一定影响力的专科，也是本院重点发展和建设的重点学科。主要承担消化系统疾病的临床和内镜诊治及研究工作，特别是内镜诊疗技术的开展，扩大了科室影响，提升了医院的知名度，赢得同行的赞誉和病人的青睐，其中“无痛内镜技术的临床应用”、“门脉高压出血内镜治疗技术”等项目居国内领先地位。
3、神经内科
吉林省一汽总医院神经内科是市重点专科，备有先进的医疗设备，在脑血管病的治疗方面有着独特的治疗特色，尤其治疗癫痫、多发性周围神经病、脱髓鞘疾病及脊髓疾病上，均有较丰富的经验。同时科室注重学科建设及人才梯队培养，参与了两项国家级脑血管病的大样本科研，有4项科研在省、市科委立项、通过鉴定并获奖，发表60多篇省级以上论文。
4、老年病科
吉林省一汽总医院老年病科作为吉林省重点专科，长期以来承担着老年疾病的临床诊疗、慢病管理、预防与康复以及老年病的研究工作。其中的骨质疏松诊疗中心是重要组成部分，处于国内专业领先地位，获得国家及省市多项荣誉。