北京治疗子宫内膜异位症医院排名靠前的是北京协和医院妇科、北京大学第三医院妇科、北京大学人民医院妇科。北京协和医院妇科是国家级重点学科，内异症诊疗与研究处于国内顶尖水平；北京大学第三医院妇科综合实力强劲，内异症等疾病诊治达国内先进；北京大学人民医院妇科是国家临床重点专科，微创治疗内异症经验丰富。
北京协和医院 妇科
该科室是林巧稚妇产科研究中心、国家级重点学科、全国妇产科疑难重症诊治中心，拥有多个国家级研究中心和唯一国家级妇产科继续教育基地。擅长子宫内膜异位症的发病机制研究与临床治疗，深入开展妇科内窥镜和微创手术，建立规范化诊疗体系。学科人才济济，实验室装备精良，牵头多项全国多中心临床研究，是国内妇产科领域的标杆，引领行业技术发展。
北京大学第三医院 妇科
该科室是国家教委重点学科、211工程重点学科，博士学位授予点，综合实力居国内先进水平，部分领域达国际前沿。擅长子宫内膜异位症、妇科生殖内分泌、妇科肿瘤等疾病的诊治，在辅助生育、微创手术等领域形成鲜明优势。教学科研成果卓越，获得多项国家、部委和北京市科技进步奖，发表大量国内外学术论文，培养了大批高层次医教研人才。
北京大学人民医院 妇科
该科室是教育部重点学科、国家卫计委临床重点专科、国家卫计委妇科IV类内镜技术培训基地，由林巧稚教授创建，国内影响力显著。擅长子宫内膜异位症的腹腔镜微创治疗，手术占比达80%，同时精通妇科肿瘤、盆底疾病等诊治，建立多学科联合诊疗模式。科研实力雄厚，承担多项国家级课题，获多项国家级、部级科技成果奖，盆底康复治疗达国际先进水平。
首都医科大学北京妇产医院 妇科
该科室是卫生部临床重点建设专科，由林巧稚教授创建，是医院支柱科室。2018年成立亚洲首个欧洲认证的国际跨学科子宫内膜异位症中心，内异症综合管理居国内领先水平。以微创技术为核心，广泛开展腹腔镜、宫腔镜等四级内镜手术，同时在复杂生殖道畸形矫治、盆底康复等领域优势突出。承担多项国家级、市级科研课题，举办多个品牌国家级继续教育项目，辐射全国。
中国人民解放军总医院 妇产科医学部
该科室涵盖妇科等3个亚专科，高职专家阵容强大，综合实力雄厚。在子宫内膜异位症的临床与基础研究、机器人及腹腔镜微创手术治疗方面处于国内领先地位。擅长妇科良恶性肿瘤个体化治疗、盆底功能障碍性疾病诊治等，获国家科技进步二等奖2项及多项军队、省部级成果奖。是博士学位授予点、博士后流动站，承担多项国家级、省部级科研基金，诊疗与科研水平同步领先。
