吉林大学中日联谊医院擅长消化内科、内分泌科、普通外科、骨科、康复医学科。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、消化内科
吉林大学中日联谊医院消化内科是卫生部重点学科以及中日联谊医院重点学科，下设吉林省消化系病重点实验室，是博士、硕士研究生及博士后研究人员培养基地。近年来先后6次承担国家自然科学基金会项目，此外还多次承担卫生部及省科委项目，研究成果四次获省科技进步二等奖。学科注重科研成果转化，不断推动慢性肝胆胰及慢性胃肠疾病诊断治疗技术的进步，并逐步形成科室主要专业特色。
2、内分泌科
吉林大学中日联谊医院内分泌科是吉林省最早成立的内分泌科，硕士、博士学位授权点；吉林省内分泌临床重点专科；国家药物临床试验机构—内分泌专业；吉林省医师协会内分泌代谢病分会主委单位等。科室不断发展壮大，管理科学规范，在医疗、教学、科研和护理方面等方面，取得了令人瞩目的成绩。率先在国内开展胰岛素泵治疗、连续动态血糖监测等国际先进技术，促进科室疾病诊治水平和专业学术地位达到国内领先行列。曾荣获“吉林大学医疗成果奖”多项；吉林大学“患者满意优秀医疗服务团队”；吉林大学“校级规培优秀科室”；吉林大学“巾帼文明岗”等。
3、普通外科
吉林大学中日联谊医院普通外科是省卫健委重点专科，是在原基本外科基础上成立起来的省内第一家以胃肠疾病为医疗和研究中心的科室。科室承担部、省级科研课题20项，在国内外权威杂志和专著上发表论文150余篇，获科研、医疗成果奖15项。在国内改良了全胃切除后食管空肠吻合方式，率先开展了肠梗阻导管、胃、小肠、结直肠疾病三维成像新技术、新疗法，在省内率先开展了胃、结、直肠腹腔镜手术等新技术和新疗法，其中腹腔镜下胃、小肠、结肠穿孔修补术在省内首屈一指。
4、骨科
吉林大学中日联谊医院骨科是省卫健委重点专科，科室专业不断分组细化，以满足患者的就诊需要，目前骨科的人工关节技术已居国内先进行列，并与世界接轨。同时在国内率先成立脊柱畸形亚学科专业学组，致力于脊柱畸形疾病的诊断、治疗和相关科研工作，是国内开展脊柱矫形手术较早的医院之一。医院、科室技术力量雄厚，脊柱疾病的治疗方面有着深厚的底蕴，也是科室的传统优势，获得患者一致好评。
5、康复医学科
吉林大学中日联谊医院康复医学科已成为集医疗、教学、科研为一体的康复医学基地，科室开展的主要医疗项目包括神经疾病康复、骨与关节疾病康复、手外伤康复、老年病康复、心肺疾病康复等，同时开展许多特色治疗技术，如吞咽障碍患者的球囊扩张术、痉挛患者的肉毒毒素注射等。学科地位优势明显，现为中国康复医学会常务理事单位、吉林省康复医学会会长单位、吉林省医师协会康复医师分会主委单位，是吉林省卫健委重点学科、吉林省康复医学质量控制中心。注重学术交流，并发挥行业引领作用，承担了多项国际级、国家级、省部级科研项目。
