江西中医肛肠科比较厉害的三个医院是江西中医药大学附属医院、南昌大学第一附属医院、南昌大学第二附属医院。
江西中医药大学附属医院肛肠科（肛肠医院）是国家中医药管理局重点专科，多项省级学术团体挂靠单位，中西医结合诊疗水平领先。南昌大学第一附属医院中西医结合肛肠科获评全国优秀学科，是省内疑难重症肛肠病诊治中心，无痛微创技术突出。南昌大学第二附属医院中医科建科历史悠久，名老中医底蕴深厚，首创中医药极地应用，诊疗特色鲜明。
1、江西中医药大学附属医院 肛肠科（肛肠医院）
2021年正式揭牌成立，依托省中医院肛肠科建设，是国家中医药管理局重点专科、江西省医学领先专业、江西省重点中医专科。多项省级肛肠相关学术团体及质控中心挂靠于此，集医疗、教学、科研于一体，中医特色鲜明、诊疗手段完备。传承盱江医学流派，研制多种疗效确切的专科用药，结合热敏灸等中医疗法。
同时开展腹腔镜微创手术、无痛诊疗，擅长结直肠肛门良恶性疾病规范化诊疗，科研成果丰硕，综合实力稳居省内领先。
2、南昌大学第一附属医院 中西医结合肛肠科
诊疗实力雄厚，擅长60余种肛肠疑难病及常见病的手术治疗，引进多项国内外无痛微创新技术，最大限度保护肛门直肠功能与外形。在省内率先开设小儿肛肠、孕妇痔疮等特色专科门诊，配备多种先进诊疗设备，大幅提升疑难病诊疗水平。获评“中国结直肠肛门外科优秀学科”“全国肛肠疾病防治工程定点医院”。
是江西省疑难重症肛肠病诊治中心，同时荣获多项荣誉，诊疗与服务水平广受认可。
3、南昌大学第二附属医院 中医科
建科于1950年，2013年荣获“全国综合医院中医药工作示范单位”，是中西医结合硕士学位授予点。拥有全国首批老中医药专家指导老师、江西省国医名师等顶尖人才，谢庆斌医师作为全球首位中医医师承担南极科考保健任务，首创中医药极地应用。
擅长肿瘤放化疗康复、风湿免疫病、消化及肾病诊治，运用穴位注射、针灸等特色技术，辨证与辨病结合，对常见病、疑难病疗效显著，传承与创新并重。
4、赣州市人民医院 中医科
始建于1953年，为医院一级临床科室，集中医诊疗、教学、科研于一体，是全国综合型医院中医药示范单位、国医大师李佃贵工作站、江西省临床重点专科、赣州市中医“治未病”中心、赣州市针刀医学会挂靠单位。科研实力雄厚，先后中标3项国家自然科学基金、2项江西省自然科学基金重点项目，擅长运用中医及中西医结合疗法诊治各类常见病、多发病，技术全面，是赣州市中医领域的核心标杆。
5、江西省人民医院 中医科
是国家卫健委认证的“全国综合医院中医药工作示范单位”，拥有国家中医药管理局认证的全国名老中医药专家传承工作室，综合实力省内领先。引进中医四诊仪，开展腕踝针刺、冬病夏治敷贴、膏方调理等特色项目，在老年多器官功能不全、神经系统康复、慢性病调理方面特色突出。科研教学成果丰硕，参与多项国家重点专项课题，与国内多家顶尖医院合作，是省内重要的中西医结合诊疗、人才培养与学术交流中心。
