蚌埠市第三人民医院擅长的科室有消化内科、神经外科、皮肤科、中西医结合科、烧伤整形科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、消化内科
蚌埠市第三人民医院消化内科是安徽省重点特色专科，消化内科设备先进，拥有600平米消化内镜中心，原装进口国际先进的奥林巴斯290高清放大电子胃肠镜、超声胃镜、全自动内镜清洗机等先进设备。消化内科人才梯队合理，技术力量雄厚，在胃肠病、肝病、胰腺疾病及其它内科疑难重症疾病诊治方面经验丰富。
2、神经外科
蚌埠市第三人民医院神经外科为安徽省特色专科、蚌埠市首批临床重点学科，该科以中青年科技人员为主、人才梯队和专业结构合理，医学、教学和科研总体实力处于全省先进地位。逐渐完善了颅脑肿瘤、椎管内肿瘤的显微外科治疗技术，在三叉神经痛、面肌痉挛、颈椎病等治疗方面形成了特色的专科治疗体系，在全省有较大影响和知名度。
3、皮肤科
蚌埠市第三人民医院皮肤科从创建以来在皖北地区一直享有较高声誉，慕名而来的患者不计其数，在几代人的共同努力下，科室整体的诊疗水平不断提高，不断发展壮大，目前是是中国银屑病医疗联合体、全球银屑病监测（GPA）项目成员单位，皮肤病学教育部重点实验室白癜风精准医学研究联盟单位。
4、中西医结合科
蚌埠市第三人民医院中西医结合科系安徽省中医药管理局重点专科、蚌埠市“十三五”临床重点扶持专科，已形成人才梯队完整，学科特色鲜明，既保存传统中医辨治慢性疑难病症的特色，又拥有运用现代医学技术，抢救危、急、重症的能力。
5、烧伤整形科
蚌埠市第三人民医院烧伤整形科是三院重点专科之一，也是市级重点科室中唯一的烧伤整形专科，市重点扶持专科，安徽省临床重点培育专科。科室拥有先进的烧伤整形专用治疗设备，把科研的重点放在提高治愈率，降低死亡率及致残率上，多项科研项目获得了省、市科技成果奖。医疗服务的范围已扩大到周边20多个县市。现已发展成皖北地区最大的烧伤整形治疗中心，安徽省区域烧伤治疗中心之一，最大的烧伤治愈面积达95%以上，近年来烧伤治愈率逐年提高，特重度烧伤治愈率在90%以上。