惠州三甲医院有惠州市第一人民医院、惠州市中心人民医院、惠州市第三人民医院等。惠州市第一人民医院是中国创伤救治联盟单位、中国胸痛中心、国家高级卒中中心等。惠州市中心人民医院是广东省高水平医院，在中国地级城市医院百强榜中名列第28位，其中有11个专科进入全国地级城市医院前三十强。惠州市第三人民医院现已形成部分学科优势突出的三级甲等综合医院品牌。
第一名：惠州市第一人民医院
惠州市第一人民医院是一家以心脑血管疾病、老年病（干部保健）、创伤急救等为重点发展方向，集医疗、教学、科研、康复、保健为一体的三级甲等综合医院。目前是中国创伤救治联盟单位、中国胸痛中心、国家高级卒中中心，是中国心衰中心、国家消化道早癌防治中心联盟成员单位等，与市体育局共建惠州市运动损伤医学诊疗中心。
第二名：惠州市中心人民医院
惠州市中心人民医院是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复、急救于一体的公立综合性三级甲等医院，是广东省高水平医院、省级区域医疗中心建设单位。2021年在“中国地级城市医院百强榜”中名列第28位，其中有11个专科进入全国地级城市医院前三十强。在危急重症孕产妇救治、危重新生儿救治、眼科专业等学科具有较强的专业优势，部分项目已达到省内或国内先进水平。
第三名：惠州市第三人民医院
惠州市第三人民医院现已逐步形成了服务领先、部分学科优势突出、特色鲜明、综合实力较强的三级甲等综合医院品牌，同时医疗设备齐全，开展了各种心脏介入手术、体外循环下常见心脏病心内直视手术、肝癌消融术、人工关节置换术等多项高新尖技术项目，其中部分已经达到大型三甲医院水平。
第四名：惠州市妇女儿童医院
惠州市妇女儿童医院是一所集保健、临床、教学、科研为一体的市级妇幼保健院，目前主要开展专科优势特色技术项目，包括无痛分娩技术、高危孕产妇救治技术、儿科诊疗和重症儿科救治技术、妇女保健、儿童保健、新生儿疾病筛查等项目，其中妇科盆底重建手术技术、单孔妇科腹腔镜微创手术等方面的应用在惠州市处于领先地位。
第五名：惠州市中医医院
惠州市中医医院是惠州地区唯一一家三级甲等中医医院，是一所集医疗、教学、科研、康复等功能为一体的具有中医特色和中西医结合优势的综合性中医医院，是省内首批两个国家重点中医院建设单位之一。作为惠州市中医药事业发展的“龙头”，中医名家汇集的主要阵地，医院传承中医药文化，服务于惠州和岭南地区百姓健康，在粤东地区享有盛誉。