广东省中医院大学城医院擅长的科室有脾胃病科、风湿病科、肝病科、呼吸与危重症医学科、肾内科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、脾胃病科
广东省中医院大学城医院脾胃病科现为广东省中医院脾胃病大科的重要组成单位之一，是国家中医药管理局重点专科，广东省临床重点专科，2018年建立国医大师杨春波学术经验传承工作室。2019年、2022年被评为医院“A”级科室。科室专科特色鲜明，目前已全面开展内镜下逆行胰胆管造影术（ERCP）、粘膜下剥离术（ESD）、粘膜切除术（EMR）等多项手术，处于同行先进水平。
2、风湿病科
广东省中医院大学城医院风湿病科现为广东省中医药管理局重点学科，系广东省中医药学会风湿病专业委员会、广东省中医药学会风湿与关节病康复专业委员会等。科室中医特色技术突出，患者平均满意度99%以上，表扬信获得量位列医院前茅，2018年荣获中国中医医院最佳临床型专科风湿病科，同年荣获大学城医院品牌专科荣誉，已形成了临床疗效显著、中医特色明显、科研成果突出的全国一流中医风湿专科。
3、肝病科
广东省中医院大学城医院肝病科是国家中医临床重点专科，是国家卫生健康委员会中医临床重点专科，是国家中医药管理局传染病重点学科，是国家中医临床重点专科组长单位，是国家中医药管理局优势病种自身免疫性肝炎协作组组长单位及肝硬化、酒精性肝病优势病种协作组副组长单位，是广东省中医重点专科。肝病专科综合实力强，是华南地区最具影响力的肝病专科之一。
4、呼吸与危重症医学科
广东省中医院大学城医院呼吸与危重症医学科现作为广东省中医院重症医学大科的成员，是国家中医药管理局、广东省中医药管理局、广东省卫生厅临床重点专科，是中华医学会、中国医师协会认证评选的PCCM规范化建设三级医院优秀单位和首批国家中医院管理局华南地区区域中医诊疗中心（肺病）建设单位的重要组成部分。科室以呼吸道感染性疾病、肺间质性疾病为主攻方向，对肺部感染性疾病、肺间质疾病等有着丰富的诊疗经验。
5、肾内科
广东省中医院大学城医院肾内科成立于2011年9月。现作为广东省中医院肾病大科的重要成员，是“十三五”国家中医药管理局重点专科建设单位。科室牵头制定中华中医药学会团体标准-《特发性膜性肾病中医临床实践指南》（T/CACM1376-2021），2020年获批组建广东省中医院“中医药防治膜性肾病创新研究团队”。