长春市儿童医院擅长小儿外科、眼耳鼻喉科、急诊科、皮肤科、重症监护病房，这些科室学科特色鲜明，优势明显，可为患者提供高水平、高质量的诊疗服务。
1、小儿外科
设有小儿泌尿外科、小儿骨科和小儿烧伤科三个专业。除了疾病的常规治疗外，还开展了许多特色项目，小儿泌尿外科治疗泌尿系的各种短小、畸形、炎症、肿瘤和外伤。小儿骨科以治疗先天性畸形和急诊创伤为主，包括先天性髋脱位，股骨头坏死、马蹄内翻足等。小儿烧伤科在小儿烧伤的治疗中处于省内先进水平，有些疾病的治疗已达到国内领先水平。
2、眼耳鼻喉科
为综合科室，建科二十余年，对小儿眼耳鼻喉科疾病有丰富的临床经验。科室特色检查项目包括睡眠监测、声阻抗、电测听、听性脑干诱发电位、裂隙灯检查、眼底镜检查、视功能检查、验光等。对小儿眼耳鼻咽喉等其它疾病也具有非常丰富的临床治疗经验及专科治疗特色。
3、急诊科
是医院的窗口科室，是吉林省儿童重症疾病治疗中心的重要组成部分，是医院诊断和抢救急、危、重患儿的重要场所，其主要任务是承担门诊重症病人的急救及夜诊医疗工作。目前拥有呼吸机、除颤仪、多功能吊塔，心电、血压监护仪、经皮胆红素仪、心电图机、输液泵、吸引器、新生儿保温箱、多功能辐射台等设备，能对重症患者进行24小时监测及抢救。
4、皮肤科
是吉林省唯一的专门诊治儿童皮肤病的科室。科室经过多年的经验积累和研究，已形成比较成熟诊治儿童皮肤病的一整套治疗方法，对儿童常见的皮肤病如湿疹、荨麻疹、过敏性皮炎、小儿湿疹、急慢性荨麻疹、各种过敏性皮炎、感染性皮肤病、变应性血管炎、血管瘤、各种疣状病等具有丰富的临床经验。
5、重症监护病房
集医疗、护理、科研为一体，是吉林省儿童重症疾病诊治中心，是吉林省设备先进，技术全面的新生儿及儿童危重症抢救中心，学科多项诊疗技术处于市内领先水平，达到国内先进水平。科室主要从事儿新生儿及儿童内科的各种危重症及手术科室（外科、五官科）术后危重患儿的救治。配备有各种仪器及急救设备，如有呼吸机、监护仪、心电图机等，可以满足临床常见病、多发病、疑难重症的诊治。