四川大学华西医院擅长的科室有康复医学科、呼吸与危重症医学科、泌尿外科、神经外科、重症医学科等，这些科室在国内均有着较高的知名度，拥有丰富的诊疗经验，专业技术强劲。
1、康复医学科
科室获复旦版《2021年度中国专科声誉排行榜》全国第二，是中国第一个联合培养物理治疗学、作业治疗学、假肢矫形博士单位。引进了欧美现代康复技术与模式。
2、呼吸与危重症医学科
该科室为全国床位数最多的呼吸与危重症医学科之一，其医疗、护理质量在国内处于领先水平。对疑难病如弥漫性间质性肺疾病、肺囊性纤维化等的诊治水平居中国西部前茅。
3、泌尿外科
科室是我国最早建立的泌尿外科专业之一，在泌尿外科领域拥有雄厚的基础。拥有目前国内床位数最多的泌尿外科病房，已开展业务覆盖泌尿外科所有亚专业，其整体学术水平长期位居全国前列。
4、神经外科
科室是西南地区最大的神经外科基地。在颅脑外伤、癫痫外科、颅咽管瘤的基础与临床研究、环枕部先天畸形的外科治疗、脑血管病、帕金森病等功能神经疾病的治疗等方面，处于国内先进水平。
5、重症医学科
该科室是国内规模最大、亚专业最齐全的重症医学临床和教学基地。为首批国家级临床重点专科，拥有国际一流的器官功能监测、支持设备及治疗设备。年收治重症患者万余人，治愈成功率95%以上。
此外，四川大学华西医院还擅长风湿免疫科、骨科、精神医学科、麻醉科、内分泌科、皮肤科、普通外科、神经内科、消化病科、心血管病科、心外科、胸外科、肿瘤科、老年医学科、核医学科、超声医学科、急诊医学科、健康管理科、结核病科、全科医学科、检验医学科、传染感染科、放射科、病理科相关疾病的治疗，上述科室也都是重点学科，高端人才荟萃，患者可以酌情选择科室就诊。
