山东省精神卫生中心擅长儿童青少年心理行为科、临床心理科、普通精神科、心身医学科、成瘾医学科。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、儿童青少年心理行为科
科室在山东省率先成立了第一个儿童青少年专科心理门诊、第一个儿童青少年专科病房，目前是国内规模最大、国内唯一的国家临床重点专科建设单位，主要对儿童青少年期各种心理问题和精神疾病进行咨询和诊治。
2、临床心理科
是国内正高级专业技术人员最多的心理科，能够开展多种形式的心理评估和心理治疗，主要诊治睡眠障碍、焦虑症、抑郁症、双相障碍、强迫症以及各种躯体疾病引起的精神障碍等。
3、普通精神科
科室技术力量雄厚，拥有一批医德高尚、医术精湛的专家、教授，临床实践能力位居全国前列，擅长采用药物、心理、物理治疗等手段，治疗精神分裂症、抑郁障碍、焦虑障碍、双相障碍、偏执性精神疾病等精神障碍。
4、心身医学科
科室遵循生物-心理-社会的新型医学模式，强调医患的主动配合及个体化原则，常采用药物治疗联合物理治疗、团体心理治疗、绘画治疗等综合治疗措施，为患者提供优质的诊疗服务。
5、成瘾医学科
是中国药物滥用防治协会理事单位，同时是山东省药物滥用监测哨点单位。科室承担全省药物滥用及依赖相关的防治、临床、科研和教学工作，同时对全省该领域进行指导，在该专业领域始终走在国际前沿。