北京消化内科比较好的医院有北京协和医院、中国人民解放军总医院、首都医科大学附属北京友谊医院等。其中，北京协和医院消化内科是医院成立最早的专科之一，现已发展成为在国内外均很有影响的重点学科。中国人民解放军总医院消化内科被是北京市重点学科，也是全军首批国家临床医学专科中心建设单位。首都医科大学附属北京友谊医院消化内科是国家重点(培育)学科，连续多年被评为医院先进科室。
第一名：北京协和医院-消化内科
北京协和医院消化内科是医院成立最早的专科之一，现已发展成为在国内外均很有影响的重点学科。消化内科的亚专业齐全、人才济济、临床和实验室技术实力雄厚，是一个高水平的消化病学、内镜学以及疑难重症的诊治中心。科内设有高水平的、面向全国的炎症性肠病和胰腺疾病诊治中心、消化内镜培训中心以及胃肠功能和动力疾病诊治中心。
第二名：中国人民解放军总医院-消化内科
中国人民解放军总医院消化内科是北京市重点学科，被评为全军首批国家临床医学专科中心建设单位。在消化系统常见病，疑难病诊治和急危重症救治方面特色鲜明，拥有在面积、规模、技术等方面领先世界的国际一流消化内镜中心。在肠道微生态与肿瘤表观遗传学研究方面也处于国际国内领先地位。
第三名：首都医科大学附属北京友谊医院-消化内科
首都医科大学附属北京友谊医院消化内科以食管、胃肠及肝胆胰腺疾病的内镜介入(微创)诊断与治疗为特色，国内领先、国际知名，是首都医科大学消化病学系挂靠单位、国家重点(培育)学科、北京市重点学科。在消化系疑难病及肿瘤的发病机制、早期诊断和治疗方面不断创新、突破，连续多年被评为医院先进科室。
第四名：北京大学第一医院-消化内科
北京大学第一医院消化内科是国家级临床重点专科，国家认定的全科医师、住院医师和专科医师规范化培训基地。科室先后建立了规范的消化内镜诊疗室、消化实验室、胃肠动力学检查室及各具特色的专业和专病门诊，在医疗、教学、科研等各个领域取得了骄人的成绩。科室目前可完成胃镜检查、肠镜检查等多项技术达到世界领先水平。
第五名：北京大学第三医院-消化科
北京大学第三医院消化科，作为第一批国家临床重点专科，现已发展为集门诊、病房、胃肠造影室、胃肠动力室、病理实验室、内镜室为一体的北京大学消化疾病研究中心。多年来北医三院消化科开创了国内多项内镜的第一，拥有先进设备：电子内镜主机，Doppler 电子超声胃镜（环扫、扇扫、小探头），胶囊内镜等。
第六名：北京大学人民医院-消化内科
北京大学人民医院消化内科目前拥有病房、门诊（并设有非酒精性脂肪性肝病，炎症性肠病及胃食管反流专业门诊）、内镜中心等，成为集临床、科研、教学为一体的综合能力较强的科室。 科室不仅配备各类先进的检查及治疗设备，且在临床疾病的诊疗方面形成了学科特色。目前消化科不仅对常见病及多发病制定了规范的诊治体系；同时也是疑难疾病的诊治中心。
第七名：北京天坛医院-消化内科
北京天坛医院消化内科以肝、胆、胰腺疾病诊治为特色，尤其是使用超声内镜以及穿刺技术对于胰腺疾病(慢性胰腺炎、早期胰腺癌等)诊断方面，经验丰富，深受广大患者的好评。科室承担“十三五”重点项目，取得一系列科研成果，使科室在肝病方面的研究在同行学科中享有一定声誉。
第八名：首都医科大学附属北京同仁医院-消化内科
首都医科大学附属北京同仁医院消化内科是一个具有悠久历史及厚重学术基础的科室，学术专业齐全，具有先进的诊疗技术设备，是较早开展胃肠镜检查技术的北京市级医院之一，能进行各种消化管疾病的诊断及治疗，并开展更为人性化的无痛苦胃肠镜检查与治疗工作。
第九名：首都医科大学宣武医院-消化科
首都医科大学宣武医院消化科以老年消化疾病、消化危重症诊疗为特色，国内领先，担负着北京市老年健康服务体系的龙头和执行管理职能使命。消化科突出老年疾病特点，并作为全国消化危重症诊治中心之一，采用特色诊疗手段，为每一位患者提供全程、全方位、人性化的优质服务。
第十名：中日友好医院-消化内科
中日友好医院消化内科是中日友好医院重点科室之一，是北京市中西医结合肝病学会主任委员单位、国家中医药管理局中西医结合临床国家重点学科。科室以消化系疾病的内镜诊治、慢性肝病、功能性胃肠病和胃肠动力障碍性疾病以及炎症性肠病为主要医疗特色和研究方向，以中西医结合为特色。