南方医科大学中西医结合医院擅长的科室有肿瘤中心、脑病科、心血管病科、风湿病科、肝病科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、肿瘤中心
南方医科大学中西医结合医院肿瘤中心，是广东省内乃至全国人才队伍和技术力量最强大的肿瘤中心之一，目前已是国家临床重点专科（肿瘤科）建设项目负责人单位。积极开展肿瘤现代外科治疗、化疗、放疗、生物治疗（分子靶向治疗、内分泌靶向治疗和细胞免疫治疗等）、中西医结合治疗、微创治疗和多学科综合治疗等项目。拥有多项国内/国际领先的特色技术，如腔镜手术、光动力治疗、射频消融治疗、微波消融治疗、冷冻消融治疗（氩氦刀）和肿瘤分子诊断、影像诊断和内镜诊疗等。
2、脑病科
南方医科大学中西医结合医院脑病科，是国家中医药管理局中医脑病重点学科，也是国家中医药管理局中医脑病重点专科，承担中医药治疗偏头痛临床路径及诊疗方案的编写工作。本科室在脑血管病及痴呆的诊疗、神经介入技术方面具有传统优势，保持了鲜明的特色和强劲的发展势头。特别是重症脑出血、脑梗塞、重症肌无力危象、癫痫持续状态的抢救有独特经验，科室危重患者的抢救成功率保持在80%以上。
3、心血管病科
南方医科大学中西医结合医院心血管病科，为国家中医药管理局重点专科，拥有DSA（全数字减影血管造影机）、心脏磁共振扫描仪、IABP(主动脉球囊反搏)、心脏彩色多普勒、运动心电监测仪、动态血压、动态心电图、中央监护仪、移动式同步十二导联心电图机等先进设备。主持国家自然科学基金近20项、省部级基金40余项，受资助总经费1000余万元，主编、参编专著20余部，发表了学术论文130余篇，SCI收录50余篇。
4、风湿病科
南方医科大学中西医结合医院风湿病科，是国家中医药管理局重点专科、广东省中医药局重点专科，是国内最早成立的风湿病专科之一。诊治范围包括疑难关节疾病的诊断及中西医结合治疗；系统性结缔组织病的诊断、鉴别诊断及中西医结合治疗；风湿病危重症的救治；免疫炎症相关性疑难杂症的诊治等。可全方位开展关节病变影像学诊断、关节液成份分析、微创关节滑膜活检及切除、关节内结晶体清除及游离体清除、血浆置换等多项技术。
5、肝病科
南方医科大学中西医结合医院肝病科，是国家中医药管理局华南区域中医肝病诊疗中心联盟核心单位、大湾区肝癌防治联盟盟主单位、广东省高水平临床重点专科。已承担国家及省级科研课题60余项，获得包括中国中西医结合学会科学技术一等奖（1项），省科技进步二等奖（2项）在内的多项省、军队医疗成果奖。已与美国密西根州立大学、美国德克萨斯休士顿健康医学中心等多个国际学校或医疗中心建立良好的交流和合作。
