南方医科大学第三附属医院擅长足踝外科、心胸外科、心血管内科、感染科、妇产科。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、足踝外科
是广东省足踝部矫形、创伤诊治中心。在曾参军主任的带领下，不断发展壮大，人才梯队日趋完善，业务范围不仅涵盖了足踝外科常见病、多发病的诊疗，更能完成多种疑难、复杂手术，实现了创伤、感染、畸形矫形、运动损伤四个特色专业方向的蓬勃发展。
2、心胸外科
是该院较早成立的科室，依托南方医科大学丰富的医疗资源，集医疗、科研和教学于一体，拥有设施齐全、服务一流的现代化住院病房。创新性开展了复查食道、气管化学性烧伤外科治疗新技术，开展胸部疑难杂症及高难度手术以及微创外科技术，临床经验丰富。
3、心血管内科
是该医院最早成立科室之一，是集临床、教学、科研和预防于一体的专科，是硕士学位授予点。常规开展经桡动脉急诊介入治疗心肌梗死，在亚太地区率先、华南地区首次开展去肾交感神经射频消融术治疗顽固性高血压，收到了良好的治疗效果和社会效益。
4、感染科
接诊各种感染性疾病及肝脏疾病，采用抗病毒疗法，配合调节免疫药物治疗慢性乙型肝炎、丙型肝炎取得了较好的疗效。开展乙肝病毒阳性孕妇的保健咨询，帮助阻断乙肝病毒母婴传播，对不明原因发热鉴别诊断及抗菌药物的应用等有丰富的临床经验。
5、妇产科
是医院重点专科，获评国家PAC培训基地、广东省四级腔镜手术培训基地。学科门类齐全，具备成熟的孕产妇管理体系，可开展腹腔镜下广泛全子宫切除术及盆腔淋巴清扫、子宫肌瘤剔除术等腹腔镜下各级手术，诊疗经验丰富。
