重庆市九龙坡区中医院擅长的科室有骨伤科、针灸科、妇产科、脾胃病科、脑病科等。
1、骨伤科
重庆市九龙坡区中医院骨伤科是国家“十一五”重点专科，科室拥有高素质的人才队伍，在重庆市名中医魏德海的带领下，骨伤科采取传统的中医正骨手法，突出中医药的三期辩证，采用小夹板固定，内服、外敷中药，缩短了病程，减少了患者痛苦，疗效显著。在继承和发扬祖国传统医学的优势下，同时应用现代医学方法开展了肩关节、肘关节、髋关节、膝关节置换、关节镜手术、显微外科等手术，具有创伤小、痛苦小、费用少、时间短、效果好的优势。
2、针灸科
重庆市九龙坡区中医院针灸科是“国家中医药管理局针灸理疗康复特色专科”，九龙坡区残疾人康复中心、区中医药适宜技术推广基地。拥有颈腰椎电动牵引床、蜡疗仪、阿是超声波治疗仪、中药熏蒸床、神经功能重建系统、康复评估系统及各种功能齐全的康复训练设备。引进卫生部推广项目“醒脑开窍”针刺法，治疗中风偏瘫后遗症、小儿脑瘫、截瘫、失语、假性球麻痹等各种疑难杂症，疗效显著。
3、妇产科
重庆市九龙坡区中医院妇产科是医院重点发展学科之一，先后与第三军医大学新桥医院妇产科、第三军医大学大坪医院新生儿科建立了良好的技术合作关系。形成了集妇科、产科、计划生育为一体，中西医相结合诊疗特色的临床科室。综合诊治各种妇科、产科常见病、多发病及各种疑难病症。年均门诊量约3.3万余人次，年均住院病员约2万余人次，手术3500余台次。
4、脾胃病科
重庆市九龙坡区中医院脾胃病科是重庆市重点专科，分脾胃病组、肺病组、内分泌病组3个专业组。在传承和发扬重庆市名老中医尹志美老先生中医学术思想的基础上，确定了以急慢性胃炎、消化性溃疡、功能性胃肠病、甲状腺功能亢进等疾病的中西医诊疗方案，临床取得了显著效果。
5、脑病科
重庆市九龙坡区中医院脑病科是重庆市重点专科，国家特色专科在建科室。拥有一支高学历、高素质、技术精湛的医疗团队。脑病科以中风病急性期、恢复期、眩晕为优势病种，遵循现代先进治疗理念，结合传统中医药诊疗特色，形成脑病急诊、病房、康复一体化的综合诊疗体系，体现早期神经康复治疗特色。在脑血管病的急性期，应用中药及针灸、推拿手法等康复手段，促进神经功能的早期康复。在恢复期及后遗症期则应用中西医结合康复卒中单元管理，促进神经功能修复和后遗症的康复。