北京市第六医院擅长的科室有心血管科、神经内科、中医科等。
1、心血管科
北京市第六医院心血管科是医院专业水平较高的重点科室。2005年6月东城区委、区政府批准成立了医院心内科牵头的北京市东城区心血管病防治协作中心。建立东城区心血管疾病区域防治基地。拥有一支医术精湛、医德高尚的高学历、高素质的医护专业队伍。技术力量雄厚，拥有先进完善的仪器设备，目前可完成冠状动脉造影及PCI介入治疗、冠状动脉钙化病变旋磨术、冠状动脉内IVUS检查等。
2、神经内科
北京大学第六医院神经内科是东城区重点专科，包括神内门诊、神内病区、神内辅助检查室、认知康复、运动障碍诊疗中心(由精神科、老年科、神经内科和康复科等组成)等。科室成立之初便跻身2020年度中国医药/中国医学院校科技量值(STEM)全国神经病学学科前50名，2022年获批国家临床重点专科建设项目。
3、中医科
北京市第六医院中医科是东城区重点专科，技术力量强大，于2015年5月荣获北京市中医药管理局批准的北京市综合医院示范中医科称号，现为东城区重点专科建设单位。科室设有慢 性肾脏病、肝病、癫痫、焦虑抑郁状态、风湿病等专科门诊，为方便广大患者，体现中医的简、便、效的特色，中医科研制了咽炎1号、2号、雾霾润肺方、清肝益肾明目茶等多种方便茶饮，以及糖尿病足、下肢凉麻疼的外洗中药方。
