南京中医好的医院有江苏省中医院、南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院等。看中医需就诊于中医科，江苏省中医院为全国首批成立的省级中医医院之一，在全国中医系统居于领先地位；南京医科大学第一附属医院中医科擅长治疗各科疑难杂症，平均日门诊量居全国综合医院中医内科之首位；南京鼓楼医院中医科为江苏省综合医院临床重点专科，部分技术在国内具有领先水平。
第一名：江苏省中医院
江苏省中医院为全国首批成立的省级中医医院之一，坚持以中医为本，突出中医药特色优势，学术水平和诊疗能力不断提升，持续保持在全国中医系统的领先地位，现已成为全国著名具有浓厚文化底蕴的大型综合性三级甲等中医院。医院有国家区域（中医）诊疗中心5个，国家临床重点专科6个，国家中医药管理局重点专科12个，江苏省重点专科20个等，在国内居于领先地位。
第二名：南京医科大学第一附属医院-中医科
南京医科大学第一附属医院中医科是以擅长中西医结合治疗疑难病症为特点的特色学科。设有4个亚专科：中医消化脾胃专科、中医风湿免疫病痹症专科、中医内分泌与心脑血管专科、医肾病男科与泌尿病专科，擅长治疗各科疑难杂症，平均日门诊量达1300人次，居全国综合医院中医内科之首位。
第三名：南京鼓楼医院-中医科
南京鼓楼医院中医科为江苏省综合医院临床重点专科，擅长胃肠功能障碍及盆底功能障碍针刺综合治疗、肿瘤患者麦粒灸治疗、周围神经损伤性疾病的针灸治疗和慢性肾脏病的中医治疗是优势技术，部分技术在国内具有领先水平。
第四名：东南大学附属中大医院-中医内科
东南大学附属中大医院中医内科是该院建立最早的专科之一，为东南大学重点课程建设单位、江苏省综合医院示范中医科。在失眠、肿瘤、亚健康状态、心脑血管疾病、脾胃肝胆疾病、肾病、糖尿病以及妇科病、老年病等的中医治疗方面均有独到的经验。
第五名：南京市第一医院-中医科
南京市第一医院中医科为医院一级临床科室，下设中医科、针灸科两个专科，集医疗、教学、科研于一体。中医科擅长“调脾胃，祛湿气”，尤其擅长“祛湿气”，根据湿气在不同的脏腑、经络、部位，以及与寒、热、瘀、郁等不同邪气夹杂致病的特点，在功能性胃肠病、肿瘤、慢性咳嗽、更年期综合征、顽固性失眠、内分泌紊乱等病症方面，积累了丰富的诊治经验。
第六名：南京脑科医院-中医科
南京脑科医院中医科一直致力于神经精神类疾病的中医治疗工作，是国家中管局神志病重点专科培育单位、江苏省示范中医科建设单位、南京市中医重点专科。目前科室由中医门诊、中医病房、针灸室构成，主要针对神经内科疾病展开中西医结合的诊疗工作。利用中药外治、内服的优势，在中风、中风后遗症、帕金森非运动性障碍、疼痛等方面做出了一定的成绩。
第七名：南京医科大学附属江宁医院-中医科
南京医科大学附属江宁医院中医科开设中医内科、中医妇科、中医心脑血管共3个门诊。目前开展了中药熏洗、中药灌肠、中药足浴、小儿推拿、中医埋线、药物香囊、膏方、刮痧、拔罐、针刺、艾灸等一系列中医特色治疗。范围涵盖了中医内、外、妇、儿科等各个方面，还可进行中医体质辨识。
第八名：南京市中西医结合医院-中医科
南京市中西医结合医院中医科擅长脾胃病、各种汗症、更年期综合征、甲状腺疾病、糖尿病、乳房疾病、脉管炎、股骨头坏死、风湿性心脏病及各种内科杂病和老年病的康复治疗等，开展冬病夏治治疗慢性支气管炎、小儿哮喘等，针对老年病及亚健康人群选用四季清膏，因令适补。