青岛市即墨区中医医院擅长的科室有针灸推拿科、脑病科、肛肠科、皮肤科、骨科等。
1、针灸推拿科
青岛市即墨区中医医院针灸推拿科是治疗颈肩腰腿痛疾病的特色专科，为全国中医整脊科临床示教单位，是山东中医药大学及省内多所中医院校针灸、推拿培训临床实习基地。科室集医疗、教学及科研为一体，突出中医传统特色，与现代医学结合，为广大患者提供优质、高效、廉价的医疗服务。科室技术力量雄厚，学科队伍结构合理，先后被评为青岛市特色专科，山东省重点专科。
2、脑病科
青岛市即墨区中医医院脑病科技术力量雄厚，率先建立卒中单元，为脑病急危重患者提供了便捷、快速、先进、优质的服务。该科运用中西药物、针灸、康复等综合方法治疗神经内科疑难杂症，取得了良好的疗效。目前在治疗脑血管病，特别是脑梗塞、脑出血、痴呆、偏瘫、截瘫、面瘫等疾病方面，有显著的疗效且疗程短费用低，中西医结合分期综合治疗脑血管疾病，均已达到省内先进水平。
3、肛肠科
青岛市即墨区中医医院肛肠科是集临床、科研、教学为一体的即墨市唯一一家治疗肛肠疾病的专业科室，其专业技术精湛，临床经验丰富。配有LC100A型电脑肛肠病检查治疗系统，进口电子结肠镜、进口高频电刀等先进设备。在结肠癌、直肠癌、痔、肛瘘、肛裂、肛周湿疹、肛周脓肿等疾病的手术治疗及中西医结合治疗方面取得可喜疗效，得到了社会的广泛认可，在本市及周边地区形成了较强的区域优势。
4、皮肤科
青岛市即墨区中医医院皮肤科医务人员均具有丰富的临床经验，曾到过北京中医院、山东省中医院等进修学习皮肤病的诊断及治疗，在诊治皮肤病时采用西医诊断指导临床，中医辨证施治，中西医结合，局部治疗和全身治疗相结合，临床效果显著，复发率低，受到患者的好评。科内还引进了国际先进的设备，用于各种病毒疣、痣、色素斑、红血丝、银屑病等皮肤病的治疗以及过敏性皮肤病的诊治，临床疗效良好。
5、骨科
青岛市即墨区中医医院骨科是本院的重点特色专科，现已发展成为区域优势明显、设备齐全、技术力量雄厚的科室。拥有即墨及周边地区高学位层次和最合理专业人才梯队，整体力量雄厚，富有临床经验和科研水平，承担着为本市及周边地区人民的健康服务。科室对各种关节疾患，尤其室关节镜下自体或同种异体前后交叉韧带重建、半月板缝合和骨软骨移植技术以及微创椎间孔镜下椎间盘摘除并神经根松解术已达国内先进水平。