厦门肛肠外科医院排名比较靠前的是厦门大学附属第一医院、厦门大学附属中山医院、厦门医学院附属第二医院。
厦门大学附属第一医院普外科为福建省临床重点建设单位，肛肠亚专科综合实力全市领先。厦门大学附属中山医院普通外科是国家重点专科，结直肠肛门疾病微创诊疗技术成熟规范。厦门医学院附属第二医院肝肠外科以中西医结合微创为特色，盆底及肛肠疑难手术省内首创。
1.厦门大学附属第一医院 普外科
厦门大学附属第一医院普外科是福建省临床重点建设项目单位，中国医院科技量值普外科排名全国第84位、全省第二全市第一，肛肠为核心亚专业之一。科室开展胃肠肿瘤、炎性肠病、肛肠良恶性疾病等规范化诊疗，熟练应用腹腔镜、NOSES等微创技术，同时具备腹腔热灌注等复杂肿瘤救治能力。作为国家级规培基地与药物临床试验基地，科研与临床教学实力突出，综合诊疗水平闽西南领先。
2.厦门大学附属中山医院 普通外科
厦门大学附属中山医院普通外科是国家重点专科，诊疗范畴涵盖结直肠肿瘤、痔疮、肛瘘等肛肠疾病，可独立完成三甲医院全部普外手术。常规开展腹腔镜下结直肠癌根治、低位直肠癌保肛等微创术式，手术规范精准。在结直肠癌基础与临床研究上承担多项市级课题，发表多篇高质量学术论文，技术与科研实力在闽南地区享有较高声誉，肛肠疾病诊疗体系完善。
3.厦门医学院附属第二医院 肛肠外科
厦门医学院附属第二医院肛肠外科是厦门市率先开展肛肠微创手术的专科，以中西医结合为特色，推行微创无痛化诊疗。在福建省率先开展盆底外科手术，痔病微创治疗达省内领先水平，可完成复杂性肛瘘、直肠阴道瘘、肛门会阴重建等疑难手术，多种术式为福建省首创。对顽固性便秘、直肠脱垂、婴幼儿肛门病等诊疗效果卓越，保肛保功能治疗达国内先进水平。
4.中国人民解放军第一七四医院 普外科
中国人民解放军第一七四医院普外科是医院重点学科，常规开展肛门疾病、结直肠肿瘤等规范化手术，腹腔镜结直肠癌根治等微创技术成熟普及。开展直肠PPH等特色肛肠手术，在消化道肿瘤精准根治、急腹症与腹部创伤救治上经验丰富，抢救成功率高。获多项全军及厦门市科技进步奖，年手术量稳定，在闽南地区肛肠及普外疾病诊疗中口碑良好。
5.厦门思明医院 肛肠科
厦门思明医院肛肠科是厦门成立较早的肛肠专科，以中西医结合为核心特色。自制消炎膏、生肌膏等专科制剂对肛周疾病疗效独特，除传统痔疮、肛瘘、肛裂手术外，开展红外线理疗、便秘分型诊断及出口梗阻型便秘手术。对慢性结肠炎、肠易激综合征采用特色中西医结合疗法，诊疗效果满意，是区域内老牌特色肛肠专科。
