首都医科大学附属北京儿童医院擅长小儿普外科、小儿内科、变态反应科、精神科、结核病科。上述科室诊治范围广泛，拥有高超的诊疗水平。
1、小儿普外科
在复旦专科声誉排行榜中位列第一，科室在诊断和治疗新生儿外科疾病方面具有丰富的临床经验及良好的治疗效果，诊治患儿数量国内居首，成功救治了大批新生儿外科疾病患儿，在国内成功的进行了首例联体儿分离术，率先开展了新生儿期巨结肠根治术，目前本专业在国内处领先水平。
2、小儿内科
是国家级重点学科，拥有国家儿童肿瘤监测中心、国家呼吸系统疾病临床医学研究中心等10个国家级平台，医院设有疑难病例会诊中心和远程会诊中心，儿科疑难重症疾病的诊断治疗水平居国内领先地位。
3、变态反应科
是集临床、教学和科研为一体的科室，是国内最早拥有儿童皮肤科病房的专业科室之一，是国内第一个儿童皮肤科药物临床试验基地。病例数之多、病种之广在国内儿童皮肤科首屈一指，诊疗实力居于国内先进水平。
4、精神科
在国内率先开展了儿童正常脑发育和神经障碍性疾病的多模态磁共振研究。开展多动症、抽动症、情绪障碍等心理健康相关的问题和疾病的预防、诊断、治疗和康复工作，并单独设立心理咨询、青春期心理咨询、精神病专病等门诊，诊疗范围广泛。
5、结核病科
在呼吸系统疑难及少见病的诊治方面尤为突出，如反复呼吸道感染、反复喘息和反复咳嗽等，对常见呼吸疾病的深度和精准诊治也处于国内领先水平，主要执笔和参与了我国多部儿童常见呼吸系统疾病指南的制定，对儿童肺结核的诊治国内领先，制定了全国儿童结核病诊治规范。
