乌鲁木齐新生儿科医院排名比较靠前的是乌鲁木齐儿童医院、新疆维吾尔自治区人民医院、新疆医科大学第一附属医院。
乌鲁木齐儿童医院新生儿科在全疆最早建立了无陪护病房，并在早产、低体重儿、新生儿颅内出血及缺氧缺血性脑病等危重症抢救方面积累了丰富经验。新疆维吾尔自治区人民医院新生儿科呼吸急救在全疆处于领先水平，与国内知名院校合作开展新生儿危重呼吸病救治技术协作项目。新疆医科大学第一附属医院新生儿科采用高频振荡呼吸机抢救及极低出生体重儿救治等核心医疗技术达到国内先进水平。
1.乌鲁木齐儿童医院新生 儿科
乌鲁木齐儿童医院新生儿科在全疆最早建立了无陪护病房，并建立了新生儿监护室。科室医疗设备先进，配备有婴儿专用呼吸机、辐射式抢救台、早产儿培养箱、新生儿运转式暖箱等多种高端设备，为抢救危重新生儿创造了有利条件。多年来在早产、低体重儿、新生儿颅内出血、新生儿缺氧缺血性脑病、新生儿窒息、新生儿重症感染等危重病症的救治方面积累了丰富的临床经验，已成为乌鲁木齐市设备及条件较先进的新生儿病区和NICU之一。
2.新疆维吾尔自治区人民医院 新生儿科
新疆维吾尔自治区人民医院新生儿科是集临床、教学、科研和保健为一体的综合科室。成立了新生儿危重症监护单位（NICU），其呼吸急救在全疆处于领先水平，在新生儿缺氧缺血性脑病等主要疾病的诊治方面和全国先进水平同步。科室在全疆率先开展新生儿黄疸G-6-PD检测及TORCH感染检测，并与核医学科合作在疆内首先开展用锝99m标记诊断先天性胆道闭锁，配合卫生厅完成多期全疆新生儿窒息复苏培训项目。
3.新疆医科大学第一附属医院 新生儿科
新疆医科大学第一附属医院新生儿科是自治区最早成立的新生儿科，在全疆新生儿科领域处于领先地位。科室多项业务在自治区范围内率先开展并处于领先水平，包括新生儿溶血病宫内输血和出生后换血治疗、高频振荡呼吸机抢救新生儿呼吸衰竭、早产儿及极低出生体重儿救治（最小出生体重700g）等，这些核心医疗技术达到国内先进水平。承担国家自然科学基金等多项科研课题，每年开展全疆新生儿急救新进展学习班。
4.新疆医科大学第二附属医院 儿科
新疆医科大学第二附属医院儿科在新生儿疾病治疗方面具有一定诊治经验，是科教研一体的综合性临床科室。科室拥有微量输液泵、超声经皮给药治疗仪等设备，门诊设有智能化“雾化中心”并开设夜间急诊。近年来成功抢救了大量急、危、重症患儿，作为国家级儿科医师规培基地，承担带教研究生、实习生及儿科规培等工作。
5.新疆医科大学第五附属医院 儿科
新疆医科大学第五附属医院儿科是以呼吸道、消化道疾病、新生儿疾病治疗常见病、多发病为主的综合性临床科室。科室配备微量输液泵、降钙素原测定仪等医疗设备，门诊设有智能化“雾化中心”。科室对各系统疾病建立了规范的诊疗常规，近年来成功抢救了大量急、危、重症新生儿及患儿，同时承担医科大学教学任务及国家级儿科医师规培工作。
