上海长海医院擅长耳鼻喉科、风湿免疫科、泌尿外科、烧伤科、病理科，上述科室对于相关基础病及疑难杂症均具有丰富的检验、治疗经验，患者可根据自身情况选择对应科室就诊。
1、耳鼻喉科
为全军耳鼻咽喉-头颈外科中心，国家211工程重点大学的重点学科。学科技术力量雄厚、医疗设备齐全、医疗特色突出。下设的咽喉科是国内最早开展低温等离子射频治疗阻塞性睡眠呼吸暂停综合征（鼾症）的单位之一。
2、风湿免疫科
是国内三级甲等医院中成立较早的特色科室，科室连续11年获复旦专科（风湿科）声誉排行榜提名。科室接诊量大，诊疗经验丰富，年门诊量约7万余人次，年收治病人1800余人次。
3、泌尿外科
是新中国成立后的第一批泌尿外科专业学科，是国内最大的微创泌尿外科培训基地之一。学科在前列腺癌的早期诊断、根治手术以及综合治疗方面处于国际领先水平，在泌尿系结石微创治疗，肾癌、膀胱癌的微创手术治疗以及肾移植、男科疾病的诊治等领域处于国内领先水平。
4、烧伤科
已成为国内集医教研为一体、综合规模最大和条件最完善的烧创伤基地之一。在创面修复、重症医学及多发伤和复合伤救治等领域形成新的医疗特色。同时开展以点阵激光系列为特色的瘢痕系统治疗取得良好效果。
5、病理科
集医疗、教学和科研于一体的综合性病理学科，科室开展检测项目几乎涵盖了所有病理科室各种检查项目，包括免疫组化、原位杂交、基因重排等，解决了大量的疑难病例病理诊断问题，为临床正确诊断、个体化治疗和预后判定提供了科学的依据，荣获军队医疗成果二等奖、上海市科技进步二等奖等。