治疗巧克力囊肿比较好的医院是北京协和医院、复旦大学附属妇产科医院、北京大学第三医院，北京协和医院妇科是国家级重点学科，全国妇产科疑难重症诊治中心，还是国家级妇产科继续教育基地。复旦大学附属妇产科医院是全国知名的三级甲等专科医院；北京大学第三医院妇产科是全国综合医院妇产科中规模最大的集医、教、研为一体的临床工作实体之一。
第一名：北京协和医院-妇科
北京协和医院妇科是国家级重点学科，全国妇产科疑难重症诊治中心，国家教委博士学位授予点，妇产科博士后流动站，卫生部妇产科住院医师培训基地，国家药品监督管理局妇产科药物研究基地，国家级妇产科继续教育基地。擅长处理巧克力囊肿、妇科肿瘤、妊娠合并急危重症以及疑难内外科合并症，建立了高危孕产妇重症监护病房（ICU）和新生儿重症监护病房（ICU），降低了孕产妇和围产儿死亡率。
第二名：复旦大学附属妇产科医院
复旦大学附属妇产科医院是集医疗、教学、 科研于一体的全国知名的三级甲等专科医院。医院的妇产科学科是教育部重点学科、上海市重点学科；妇科和产科双双入选国家临床重点专科建设；中西医结合妇科也被国家中医药管理局列入“十二五”重点专科。医院还承担妇产科学国家精品课程、上海市精品课程的建设任务，并相继成为首批上海市住院医师规培及专培基地之一。2013年度医院妇产科学入选上海市重中之重临床重点学科、2017年该院获市卫计委批准设立上海市女性生殖疾病临床医学中心。在巧克力囊肿、宫颈炎、阴道炎等常见妇科疾病的诊治方面具有优势。
第三名：北京大学第三医院-妇科
北京大学第三医院妇产科由妇科、产科和生殖医学中心三个部分组成，是中国大陆首例试管婴儿诞生地，是国家教委重点学科，国家妇产疾病临床医学研究中心、国家产科专业医疗质量控制中心、国家助产士规范化培训基地、全国出生缺陷防治人才培训项目培训协同单位、中国住院医师培训精英教学医院联盟成员、北京市住院医师规范化培训基地、北京市危重孕产妇救治中心；是全国综合医院妇产科中规模最大的集医、教、研为一体的临床工作实体之一。同时擅长巧克力囊肿、子宫肌瘤等各种妇科疾病的诊疗。
第四名：华中科技大学同济医学院附属同济医院-妇科
华中科技大学同济医学院附属同济医院妇科已成为我国中南地区的医学治疗中心，也是高水平的技术创新与引进辐射基地、高水平的科研支撑与保障基地及高层次的人才培养与管理基地。在巧克力囊肿、子宫内膜癌、宫颈癌等难治性疾病方面经验丰富。普通产科开展的诊疗项目有孕期营养及体重管理，孕期保健与监护、孕妇肥胖症、分娩镇痛、产后康复、母乳喂养指导等；胎儿医学开展的诊疗项目有产前筛查与产前诊断、出生缺陷防控咨询、胎儿宫内干预等。
第五名：浙江大学医学院附属妇产科医院-妇科
浙江大学医学院附属妇产科医院是浙江省妇产科医疗、教学、科研及计划生育、妇女保健工作的指导中心，是国家妇产区域医疗中心牵头建设单位。妇产科学是国家重点（培育）学科、国家临床重点专科。 妇科是浙江省妇产科学的临床、教学和科研中心，目前分设四个临床科室，分别侧重于微创妇科、子宫内膜异位症与腺肌病、妇科内分泌学以及妇科泌尿与盆底缺陷等专科方向，在此基础上广泛开展宫腔镜、腹腔镜、经腹手术、阴式手术等多种手术治疗子宫肌瘤、巧克力囊肿等妇科良恶性疾病，达全国领先水平及国际前沿水平。
