菏泽神经外科医院排名靠前的是菏泽市立医院神经外科、菏泽医专附属医院神经外科、单县中心医院神经外科等，菏泽市立医院神经外科2013年被山东省卫生厅评为省级重点学科，是全市神经外科医疗、教学、科研和预防保健中心；菏泽医专附属医院神经外科为山东大学齐鲁医院神经创伤重症专科医联体单位，在神经急危重症救治及功能康复领域经验丰富；单县中心医院神经外科是全市较大的创伤救治中心，多项核心诊疗技术步入省市先进行列。
1、菏泽市立医院 神经外科
该科室始建于上世纪70年代，2013年4月被山东省卫生厅评为省级重点学科，是全市神经外科医疗、教学、科研和预防保健中心。科室下设脑肿瘤与功能神经外科、神经脊柱脊髓、脑血管病等多个亚专业方向，其中神经电生理监测下听神经瘤切除面神经保留术达到省内领先水平，率先在菏泽市开展迷走神经刺激术治疗癫痫，填补了全市技术空白；神经脊柱脊髓亚专业结合显微操作技术与脊柱内固定技术，形成独特的脊柱脊髓疾病诊治模式；脑血管病诊疗水平位居全省前列，是国家高级卒中中心的重要组成部分，急性颅内大血管闭塞机械取栓术、颅内动脉瘤介入栓塞及开颅夹闭手术在全国高级卒中中心技术排名中稳居前列。科室与首都医科大学北京宣武医院建立长期合作，与海军医科大学附属长海医院、北京天坛医院等国内知名医院保持业务协作，参与多家国内顶尖医院牵头的国际、国内多中心研究。
2、菏泽医专附属医院 神经外科
该科室配备进口手术显微镜、神经内镜、颅内压监测仪、开颅动力系统等先进设备及神经重症监护病房，主要开展颅脑、脊髓病变的诊治工作，尤其对重度颅脑、脊髓损伤和出血性脑血管病等神经急危重症的救治及神经功能康复治疗有丰富经验，可常规开展颅内、椎管内肿瘤，脑积水，三叉神经痛、面肌痉挛等疾病的手术治疗，疗效确切。科室为山东大学齐鲁医院神经创伤重症专科医联体单位，与北京、济南等上级医院专家建立稳定合作关系，专家常年来院会诊、手术；其中开展的神经内镜下三叉神经痛、面肌痉挛微血管减压术属于新型微创技术，具有手术切口小、出血少、脑组织无牵拉损伤、并发症少、恢复快等优势，能够帮助患者快速摆脱病痛困扰。
3、单县中心医院 神经外科
该科室组建已近20年，是全市较大的创伤救治中心，建立了由120急救中心－CT室－神经外科病房－手术室的绿色通道，大幅降低了颅脑外伤的死亡率和致残率。科室在神经系统肿瘤治疗方面累计诊治病例超千例，2000年以来相继开展经单鼻孔入路垂体腺瘤切除术、翼点入路切除鞍区巨大肿瘤、枕下乙状窦后入路切除巨大听神经瘤等高难度手术，技术水平步入省市先进行列。1994年在全市率先开展经股动脉插管选择性全脑血管造影术和脊髓血管造影术，可同时开展神经介入手术与显微外科手术，实现脑血管病外科治疗的最优化。科室科研成果突出，累计获省市级科研成果奖6项，研发的《自体颅骨瓣腹部皮下保存原位再植术》获得市科技进步一等奖，还参与了国家科研攻关项目的实施。
4、曹县人民医院 神经外科
该科室是山东省临床重点专科、菏泽市临床重点学科、菏泽市级精品专科，系山东大学齐鲁医院神经创伤重症医联体单位、山东省功能神经外科专科联盟单位、同济大学附属第十人民医院神经外科联盟单位。科室配备德国西门子3.0T超导磁共振、美国GE四代宝石CT、光磁一体神经导航、高端手术显微镜等高端仪器设备，将显微技术、神经内镜技术、介入技术、神经导航技术普遍应用于神经外科各病种，手术精准、创伤小、并发症少、恢复快，取得良好临床效果。科室与多家国内知名医院神经外科建立长期业务合作，成立山东省功能神经外科专科联盟及三叉神经痛面肌痉挛治疗中心张良文工作室（曹县站），开设功能神经外科、脑血管病神经外科、神经重症、颅脑损伤、神经肿瘤五个亚专业组，覆盖神经外科全病种诊疗。
