重庆市三级甲等医院包括陆军军医大学第一附属医院、重庆医科大学附属第一医院、重庆医科大学附属儿童医院等。陆军军医大学第一附属医院在复旦版榜中排名第29，拥有国家重点(培育)学科12个，国家临床重点专科军队建设项目12个等。重庆医科大学附属第一医院全国排名48，拥有国家卫健委“国家临床重点专科建设项目”18个，各学科均形成了自身的特色优势。重庆医科大学附属儿童医院全国排名61，是国家儿童区域医疗中心（西南）、国家一流本科建设单位等。
第一名：陆军军医大学第一附属医院
陆军军医大学第一附属医院是一所集医疗、教学、科研和预防、保健、康复于一体的现代化综合性“三级甲等”医院，拥有国家重点(培育)学科12个，国家临床重点专科军队建设项目12个，军队“双一流”重点学科1个等，2020年复旦大学医院排行榜综合排名全国第25。现已形成了烧（创）伤、消化系疾病（肝病）、心脑血管病、感染病、运动损伤与康复、临床检验与病理精准诊断等优势领域。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第29。
第二名：重庆医科大学附属第一医院
重庆医科大学附属第一医院已成为全国首批“三级甲等医院”和融医疗、教学、科研、预防、保健及涉外医疗为一体的重点大型综合性教学医院，常年承担疑难危急重症救治、应急救援、干部保健及涉外医疗任务，拥有国家卫健委“国家临床重点专科建设项目”18个，各学科均形成了自身的特色优势，综合诊断治疗水平居国内先进行列。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第48。
第三名：重庆医科大学附属儿童医院
重庆医科大学附属儿童医院是集医、教、研为一体的国家三级甲等综合性儿童医院，是国家儿童区域医疗中心（西南）、国家一流本科建设单位、国家临床医学研究中心。医院是首批儿科学国家重点学科、全国儿科唯一的住院医师规范化培训示范基地、儿科唯一获得肝移植资质的儿童医院等，在全国最佳医院排行榜中连续11年蝉联专科综合排行前三甲。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第61。
第四名：陆军军医大学新桥医院
陆军军医大学新桥医院现已建成为一所学科齐全、技术力量雄厚、设备先进，集医疗、教学、科研、预防保健等于一体的大型综合性现代化教学医院，是国内最早开展肾脏、角膜、胰肾联合等器官移植的单位之一，急慢性呼吸衰竭、心脏衰竭、肾脏衰竭等重大疑难疾病救治在国内居领先水平，先后荣获全国首批“三级甲等医院”、“爱婴医院”等称号。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第86。
第五名：重庆大坪医院
重庆大坪医院是全军唯一集医疗、教学、科研为一体的大型综合性军队医疗卫生机构，为国家首批三级甲等医院，现已发展成为军事医学特色鲜明、在国内外有一定影响力、集研医教战为一体的大型军队医院。医院以急危重症和介入微创治疗为标志的医疗高新技术国内领先，并率先在国内开展了心、肝、肺肾等大器官移植，小儿心脏移植填补了国内空白，肺移植存活时间居国内第二。
第六名：重庆医科大学附属第二医院
重庆医科大学附属第二医院是集医疗、教学、科研、预防保健为一体的国家三级甲等医院，是中国西部历史最悠久的医院之一，拥有2个国家重点学科、6个国家重点专科、17个重庆市重点学科等，还拥有4个省部级研究平台，7个厅局级研究平台和7个临床转化机构等，能够为全市和周边省市居民提供优质医疗卫生服务。
第七名：重庆医科大学附属口腔医院
重庆医科大学附属口腔医院是集医疗、教学、科研、预防、保健、急救为一体的三级甲等口腔专科医院，年门诊量逾百万人次，医疗服务规模位居国内前列。医院还是口腔医学一级学科博士授权点和口腔医学博士专业学位授权点单位、国家级博士后科研工作站，为国家级实验教学示范中心、国家药物临床试验机构等，其中口腔正畸科是“国家临床重点专科建设项目单位”。
第八名：重庆市人民医院
重庆市人民医院是重庆市首批三级甲等综合性医院，是重庆市首家涉外医院。拥有1项国家疑难病症诊治能力提升工程项目（心血管疾病），2个国家临床重点专科（过敏反应科、医学检验科），6个重庆市医学重点学科（心血管外科学、骨科学、老年病学、耳鼻咽喉学、医学检验学、呼吸病学）等。是国家住院医师规范化培训基地（17个专业）、国家临床药师规范化培训基地。是重庆市设置的五所综合性医院之一。
第九名：重庆市中医院
重庆市中医院是重庆市规模最大、实力最强，集医疗、教学、科研、公益四项中心职能于一体的大型三级甲等中医龙头医院，是国家卫生健康委员会指定的国际紧急救援中心网络医院等，医院荣登“中国医院竞争力中医医院100强”排行榜第15位，位居西部前列，先后荣获全国五一劳动奖状、全国创先争优先进基层党组织、全国文明单位等荣誉100多项。
第十名：重庆市公共卫生医疗救治中心
重庆市公共卫生医疗救治中心是重庆市唯一的国家三级甲等传染病专科医院，是重庆市传染病诊断及治疗权威机构。医院集医、教、研、防为一体，主要承担传染病医疗救治任务和公共卫生传染病应急工作，在结核病和艾滋病的诊断治疗上力量雄厚，拥有一批全国知名专家，可快速确诊、有效治疗结核病和艾滋病等传染性疾病，并开展相关临床科学研究。