常州市第二人民医院擅长心血管内科、内分泌科、肿瘤科、呼吸内科、消化科，这些科室均是国家重点专科或省级重点专科，学科特色鲜明，优势明显，可为患者提供高水平、高质量的诊疗服务。
1、心血管内科
是常州市较早建立、省内起步较早的心血管专业学科点，是“江苏省重点专科”。目前已成为一个学科全面、实力雄厚、专业技术精湛、在市内领先、省内都有一定影响的专业学科。科室技术力量雄厚，各种介入手术无论从手术的数量还是手术的种类，均居省内地市级医院领先水平。
2、内分泌科
为江苏省省级临床重点专科。科室拥有常州市唯一的糖尿病研究所，最早全面开展各项内分泌功能检查。现能全面开展三级甲等医院内分泌重点科室的所有检查项目和诊疗手段。学科派遣多人先后赴美国、香港等地进修学习，使糖尿病科研和临床始终与国外先进水平接轨。
3、肿瘤科
是苏南地区具有较大影响力的肿瘤疾病的医疗、教学和科研基地之一，是江苏省临床重点专科，也是卫生部癌痛规范化治疗示范病房培育单位。集肿瘤化疗、放疗、靶向治疗、微创治疗等为一体，主要开展肿瘤的放/化疗、肿瘤精准诊疗等。
4、呼吸内科
是江苏省临床重点专科建设单位、南京医科大学重点学科、常州市重点学科培育点，在江苏省内具有较高的学术影响力。科室配备有先进的诊疗设备，开展各种新技术、新疗法，其中硬质气管镜下介入治疗（Y形镍钛记忆合金支架及硅酮支架的置入），技术水平在省内处于领先地位。
5、消化科
是集临床、教学、科研为一体的学科，是常州市临床重点专科。科室具有现代一流的消化内镜中心，现为中华医学会内镜培训中心，在社会各界具有较好的声誉。科室致力于应用现代化设备和先进的技术开展消化系统疾病的诊疗工作，对消化系统疑难危重疾病的治疗有着丰富的临床经验。
