上海小儿感染科排名靠前、比较权威的是复旦大学附属儿科医院，上海交通大学医学院，上海交通大学医学院。
复旦大学附属儿科医院传染感染科为卫生部临床重点学科，国家儿童医学中心传染感染免疫中心，主导多次儿童突发公卫事件处置。上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心感染科是国家儿童医学中心“重中之重”建设中心，擅长疑难重症感染诊治。上海交通大学医学院附属新华医院小儿感染科为全国少数独立运行儿童感染科，以病原精准检测为特色。
1、复旦大学附属儿科医院 传染感染科
科室为卫生部临床重点学科、国家儿童医学中心传染感染免疫中心，国家/上海市小儿传染病监测定点单位。多次主导儿童突发公卫事件（SARS、手足口病等）处置，重症传染病抢救成功率90%以上。
儿童肝病中心国内领先，开展肝穿刺病理、基因检测，诊治罕见遗传代谢性肝病（如Alagille综合征），肝移植为特色。获教育部、卫生部、上海市科技进步奖4项，主编《小儿传染病学》等专著18部，培养博硕38名，为全国小儿传染感染肝病医师培养基地。
2、上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心 感染科
国家儿童医学中心“重中之重”建设中心，擅长反复/重症感染免疫机制研究、疑难危重症/耐药菌/免疫缺陷/移植后感染诊治，国内首创感染—微生物检验—临床药剂师联合查房模式。2019年与法国梅里埃建全球唯一海外产学研实验室。开设“预防接种评估门诊”（曹清主任领衔多学科团队），提供接种咨询、异常反应处置、个体化方案制定一站式服务，获广泛好评。
3、上海交通大学医学院附属新华医院 小儿感染科
全国少数独立运行的儿童感染科，临床研究基地以病原精准检测为特色（传统培养+新型快速检测），组织多学科疑难感染MDT。擅长脓毒血症、小儿肝病、EB病毒感染、不明原因发热，小儿肝脏穿刺活检为重点操作，收治华东及全国转诊疑难病例，显著提升感染性疾病诊治水平。
4、复旦大学附属华山医院 感染病科
1955年创建，戴自英教授（我国临床微生物学奠基人）创立，历任徐肇玥、翁心华等知名专家。1978年首批博士点、1989年首批重点学科、2001年国家重点学科。
现任张文宏等领导，科研雄厚（承担973、863等课题，获国家级/省部级奖20余项）。擅长病毒性肝炎个体化治疗、中枢神经感染、不明原因发热、深部真菌病。2010年启用9010㎡新建感染病大楼（十万级洁净），集科研医疗教学于一体。
5、上海交通大学医学院附属瑞金医院 感染科
前身为1930年广慈医院隔离病房大楼，历史悠久。以重症肝炎研究闻名（主持国家“六五”至“八五”攻关，治愈率高），现保持重症肝炎领先，病毒变异、肝炎抗病毒优化、耐药检测等全国领先。
参与抗感染药物评价，拓展艾滋病研究（病毒实验室为上海初筛实验室）。近百年承担国际合作、国家攻关等课题，科研经费511.43万元，为博士点及博士后流动站。
