广州医科大学附属第二医院番禺院区擅长心血管内科、神经内科、泌尿外科、儿科、妇产科。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、心血管内科
该科室设有专科门诊、普通病区及重症监护室、无创心脏检查室、心脏起搏器程控室。设备先进，可开展经皮腔内冠状动脉介入治疗术、永久心脏起博器植入术等心血管病诊疗技术。擅长急性心肌梗死、心源性休克、先天性心脏病、主动脉夹层等心血管急重症的治疗。
2、神经内科
拥有年富力强的优秀专家多名，配有数字减影血管造影机等大批先进的诊疗仪器。熟练掌握并开展神经介入技术、神经重症监护、TCD血流动态监护技术等。目前主要诊治癫痫、脑血管病、儿童神经病、痴呆和运动障碍等，尤其在癫痫的研究和诊治方面已达全国领先水平。
3、泌尿外科
科室技术力量雄厚，拥有完备的检查及治疗设备，顺应目前治疗微创化的方向，可开展多项腔内泌尿外科技术。其中部分专家对男性病如前列腺炎、阳痿、不孕不育等治疗经验丰富。
4、儿科
由儿科门诊、儿科急诊、儿科住院部三部分组成，病区配备多台高档呼吸机，儿科门诊部开设了高端的小儿肺功能检查室。擅长儿科常见疾病如支气管炎肺炎、哮喘、小儿腹泻、小儿肾炎、新生儿黄疸等疾病的诊治。
5、妇产科
开展各种妇科肿瘤的诊治以及妇科微创手术，擅长妇科恶性肿瘤规范化诊断和治疗，包括卵巢癌、子宫内膜癌、宫颈癌、外阴癌以及绒癌等国际规范的手术及化疗。