安徽省肿瘤医院擅长肿瘤内科、骨科、妇瘤科、病理科、头颈肿瘤外科。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、肿瘤内科
是集临床、教学、科研为一体的消化道肿瘤特色亚专科诊疗中心。以肿瘤综合诊疗为特色，致力于多种肿瘤疾病的的诊断和治疗工作，尤其擅长胃癌、大肠癌、食管癌等消化系统恶性肿瘤。
2、骨科
是安徽省肿瘤医院重点扶育科室，在省内骨科领域处于前列。目前能够完成复杂的人工髋、膝关节置换术及人工关节翻修术。率先开展骨科恶性肿瘤“新辅助化疗+外科手术+辅助化疗”的多学科综合治疗模式，成功完成多个骨肉瘤的规范化治疗，疗效显著。
3、妇瘤科
是该院重点发展学科之一。以妇科肿瘤治疗、宫颈疾病防治及妇科肿瘤的生物治疗为重点发展方向和学科优势，突出国际先进的微创治疗手段。腹腔镜下广泛全子宫切除术、腹腔镜下盆腔淋巴结清扫术等各项技术均居省内领先水平。
4、病理科
在肿瘤病理诊断，尤其淋巴瘤、甲状腺肿瘤、乳腺肿瘤、消化系统肿瘤、妇科肿瘤方面具较高水准。在安徽省病理界率先开展分子病理及基因检测技术，现为安徽省医学会肿瘤分会肿瘤病理分子诊断学组组长单位。
5、头颈肿瘤外科
是安徽省最大头颈部肿瘤的预防、诊断、治疗、科研、教学为一体的综合科室。成功开展了多项头颈部肿瘤手术，尤其在甲状腺癌联合根治、胸骨后甲状腺肿物、头颈部肿瘤根治术后缺损的修复等疑难病例上开展了大量工作，取得了满意效果。