西南医科大学附属医院擅长的科室有肿瘤科、脊柱外科、呼吸与危重症医学科、内分泌科、耳鼻咽喉头颈外科等。
1、肿瘤科
西南医科大学附属医院肿瘤科，拥有先进完善的放疗设备、放疗辅助设备、放疗质控设备、深部热疗和生物治疗设备。科室为肿瘤患者制定具有国际先进理念的综合治疗计划；提供规范的化疗、生物靶向治疗、内分泌治疗、免疫治疗和WHO规范癌痛治疗和姑息支持治疗等。具备肿瘤治疗规范化放射治疗手段和化疗或靶向治疗，根据国际最新临床指引治疗，使每个患者入院都有远期和近期治疗目标，最终目标是使患者获得更好的就医体验获得更好的生存质量。
2、脊柱外科
西南医科大学附属医院脊柱外科，设有德国蔡司手术显微镜、JIOMAX椎间孔镜、德国奇目术中CT、德国蔡司电动与气动磨钻等国际先进医疗设备。科室主要诊治病种为脊柱退行性疾病、脊柱外伤、脊柱感染、脊柱畸形、脊柱各种良恶性肿瘤、骶骨和骨盆肿瘤等。
3、呼吸与危重症医学科
西南医科大学附属医院呼吸与危重症医学科，配有德国耶格肺功能仪、美国无创和有创呼吸机、体外排痰机等先进诊疗设备。科室除开展呼吸内科常规诊疗技术外，先后开展了一系列特色诊疗技术如经支气管镜冷冻、氩气刀、球囊扩张及气道内支架植入术治疗良、呼出气一氧化氮测定诊断气道炎症性疾病、微波消融治疗肺癌、睡眠呼吸障碍监测、循环肿瘤细胞检测、血管介入、冷冻肺活检等20多项特色诊疗技术。
4、内分泌科
西南医科大学附属医院内分泌科，科室技术力量雄厚，对下丘脑、垂体、甲状腺、胰腺、肾上腺、性腺、甲状旁腺以及糖尿病、脂代谢异常、痛风、代谢性骨病等各种内分泌代谢性疾病的诊治积累了丰富临床经验，尤其在糖尿病、甲状腺疾病、骨质疏松方面诊治更具特色。
5、耳鼻咽喉头颈外科
西南医科大学附属医院耳鼻咽喉头颈外科，下设有6个临床亚专业组（耳科学组、鼻科学1组、鼻科学2组、咽喉及气管食管科学组、头颈外科学组、咽喉头颈外科学组）和5个特色诊疗部（听力言语疾病诊疗部、人工耳蜗医学部、睡眠呼吸疾病诊疗部、耳鼻咽喉内镜诊疗部和变应性鼻炎诊疗部）。常规开展耳鼻咽喉头颈外科疾病的诊治、手术及随访、耳聋伤残或病残鉴定、嗓音评估及聋哑康复、助听器验配等。
