南京比较好的中医院是江苏省中医院、南京市中医院、江苏省第二中医院，江苏省中医院是全国首批成立的省级中医医院之一，是大型综合性三级甲等中医院，拥有国家区域（中医）诊疗中心5个，国家重大疑难疾病中西医协作牵头试点项目2个。南京市中医院是新中国成立最早的中医医院之一；江苏省第二中医院有国家中医药管理局重点专科建设单位，这些医院也比较好。
第一名：江苏省中医院
江苏省中医院为全国首批成立的省级中医医院之一，坚持以中医为本，突出中医药特色优势，学术水平和诊疗能力不断提升，持续保持在全国中医系统的领先地位，现已成为全国著名具有浓厚文化底蕴的大型综合性三级甲等中医院。医院有国家区域（中医）诊疗中心5个，国家重大疑难疾病中西医协作牵头试点项目2个，国家临床重点专科6个，国家中医药管理局重点专科12个，江苏省重点专科20个，江苏省示范专科5个以及教育部重点学科1个，江苏省高校优势学科2个，在国内居于领先地位。
第二名：南京市中医院
南京市中医院是新中国成立最早的中医医院之一，传承金陵医派，发展到现在已是一所中医特色突出，现代医技科室设置完善，急诊急救水平过硬的现代化大型三级甲等中医医院。2018年成为南京市人民政府与南京中医药大学共建直属型附属医院，是全国肛肠医疗中心、国家级区域诊疗中心，现有国家级重点学科1个（中医肛肠病学），国家级重点专科7个；江苏省重点学科1个（中医脑病学），江苏省重点专科12个；南京市重点专科19个。
第三名：江苏省第二中医院
江苏省第二中医院为江苏省针灸推拿医院、江苏省第二红十字中医院、江苏省第二中医院互联网医院、南京中医药大学第二临床医学院，也是江苏省涉外教学医院。医院本部位于南京市河西地区，是一所融医疗、教学、科研、预防保健为一体的公立省级综合性三级甲等中医院。医院临床科室齐全，开设了包括内、外、妇、儿、骨伤、针灸、推拿、康复、急诊等38个临床科室，设立了11个医技检查科室。医院有国家中医药管理局重点专科建设单位1个、江苏省中医药管理局重点学科1个、省级中医重点专科6个。
第四名：南京市江宁中医院
南京市江宁中医院现已发展成为一所集医疗、急救、科研、教学、康复、保健为一体的三级中医医院。有江苏省中医重点专科建设单位1个（脾胃病科），南京市中医重点专科6个（骨伤科、肛肠科、脾胃病科、妇科、脑病科、肾病科），南京市中医重点专科建设单位2个（心血管科、内分泌科），南京市医学重点专科2个（医学检验科、放射科）。医院临床科室建设齐全，拥有急诊科、重症医学科、内科、外科、妇产科、骨伤科、肛肠科等临床科室19个，检验科、病理科、放射科等医技科室10个。
第五名：南京市浦口区中医医院
南京市浦口区中医院现为三级中医医院，南京中医药大学、江苏健康职业学院教学医院。医院科室齐全，开设肺病科、脾胃科、心内科、脑病科、内分泌科、外科、妇产科等26个临床科室；8个医技科室。医院拥有省级中医重点专科1个（儿科），市级中医重点专科10个，南京市医学重点专科2个。成功创建江苏省卒中防治中心、江苏省健康促进医院及江苏省老年友善医疗机构，先后荣获中共南京市委先进基层党组织、南京市文明单位、浦口区高质量发展先进集体、浦口文明单位等荣誉称号。
