南京小儿肾内科医院排名比较靠前的是南京市儿童医院、南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院。
南京市儿童医院肾脏科是江苏省临床重点专科，在儿童肾病诊疗与科研领域均处于全国前列。南京医科大学第一附属医院儿科为省级临床重点专科，设有肾脏亚专业，具备儿童肾病重症救治能力。南京鼓楼医院儿科以儿童肾脏疾病为特色，开展规范化诊疗服务。
1.南京市儿童医院 肾脏科
南京市儿童医院肾脏科是江苏省临床重点专科，曾开展全国首例儿童血液透析及全国儿童医院首例肾移植术，拥有国家杰出青年科学基金获得者等多位高层次人才。科室主持制定多项全国儿童肾病诊治循证指南，牵头成立江苏省儿科肾脏专科联盟，国内率先开展新生儿肾活检、床边血液透析滤过等新技术，开展遗传性肾脏病精准诊治，发表SCI论文170余篇，获教育部自然科学一等奖、宋庆龄儿科医学奖等多项奖励。
2.南京医科大学第一附属医院 儿科
南京医科大学第一附属医院儿科为江苏省临床重点专科、省级新生儿危急重症救治指导中心，是博硕士学位授予点及博士后流动站点，拥有多项省级重点人才与医学创新团队。科室设有亚专业，开展ECMO、CRRT等儿童重症救治技术，联合多学科开展围手术期监护，承担多项国家自然科学基金及省级科研项目，发表大量SCI及核心期刊论文，获多项省市级科技成果奖与新技术引进奖。
3.南京鼓楼医院 儿科
南京鼓楼医院儿科依托医院综合平台开展临床、教学、科研及儿童保健工作，儿童肾脏疾病为科室特色诊疗方向。科室拥有高级职称医师、硕士生导师、博士后及博士等专业人才，门诊及病房设施齐全，设有抢救室等功能区域，主要承担儿童肾脏常见病多发病的诊疗工作，以优质诊疗服务为宗旨，为患儿提供专业医疗保障。
4.东部战区总医院 儿童肾脏诊疗中心
东部战区总医院儿童肾脏诊疗中心是国内最早的儿童肾脏病专科之一，为南京市重点专科、江苏省儿科医学创新团队，担任中华医学会儿童肾脏病学组副组长等职务。科室国内率先开展儿童肾穿刺活检，年活检量居全国首位，参与制定全国儿童肾病诊疗指南，成功救治危重肾病患儿获央视报道，获多项国家级及省级科技进步奖，承担多项国家级科研课题，为多所高校硕博士及博士后培养学科。
