湖北省中医院擅长肝病科、肾病科、神经内科、针灸科、骨伤科，这些科室学科特色鲜明，优势明显，可为患者提供高水平、高质量的诊疗服务。
1、肝病科
是国家中医临床研究基地、国家级重点专科和重点学科、国家区域诊疗中心（肝病）、国家中医药管理局中医肝病专业继续教育培训基地，国家中医药管局重点研究室建设单位，在省内外及华中地区患者中赢得了良好的信誉和口碑形象，为该医院享誉海内外的特色品牌科室，医疗技术和学术水平在全国处于领先地位。
2、肾病科
科室在专科理论、临床、教学、科学研究等方面积累了许多宝贵的经验，为湖北省中医院一大特色专科。被国家中医药管理局确定为重点学科建设单位，“十一五”重点专科建设单位，“十二五”重点专科建设单位，同年被评为国家临床重点专科建设单位。
3、神经内科
是国家临床重点专科、国家中医药管理局重点专科及重点学科、国家中医药管理局中医脑病专业继续教育培训基地，是集医疗、教学、科研及中风病高危人群筛查于一体的重点临床科室。拥有国家中医药重点研究室及国家中医药管理局科研三级实验室，以及全国名老中医药专家凃晋文教授传承工作室。
4、针灸科
为国家临床重点专科，国家中医药管理局“十一五”重点专科和重点学科，同时是湖北省中医院针灸研究所、湖北中医药大学针灸临床教研室。设有全国名老中医药专家传承工作室和湖北名医工作室，是集医-教-科研、预防保健和康复为一体、传承与创新并举的国家级重点专科。
5、骨伤科
是国家中医药管理局重点专科，湖北省中医药管理局重点专科、重点学科，是医院重点特色科室之一，也是国家第一批临床药物试验研究基地。下设有脊柱创伤科、运动医学与关节镜科、脊柱创伤科、关节创伤科、中医骨伤研究所等，并成立《中国中医骨伤科杂志》编辑部。