西安市中医院擅长肛肠科、肿瘤科、肾内科、肝病科、骨伤科等。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、肛肠科
西安市中医院肛肠科是集医疗、教学、科研为一体的国家级重点中医肛肠专科。科室创建于1959年，目前已发展成为有4个病区、2个综合门诊、1个肛肠理疗中心，年住院患者3600余人的国内大型肛肠专科。科室承担着15个县级医院对口支援任务和陕西中医学院硕士研究生临床教学任务，积累了数百万例手术经验，拥有一支技术精湛、医德高尚的医疗团队。科室设备先进、技术力量雄厚，在省内外、国内外均享有盛誉。
2、肿瘤科
西安市中医院肿瘤科成立于1995年。2011年被批准为省级中医重点专科建设单位。2011年荣获院级先进科室。年平均门诊量9000余人次，年收治住院患者近900人次，年均完成介入手术500余例。多年来，科室充分发挥中医药提高免疫力，改善放化疗后的毒副作用，对人体危害小的优势，以中医药为基础，结合现代医学的先进治疗技术及药物，中西医并举治疗各类良恶性肿瘤，以及各种肿瘤的手术，放疗，化疗后的康复治疗。
3、肾内科
西安市中医院肾内科是省级中医院和市级医院中最早建立的肾病专科。现为陕西省中医重点专科、西安市医疗优势专科、西安市血液净化中心。目前设有慢性肾衰竭、糖尿病肾病、肾性血尿（紫癜性肾炎）三个专病门诊，也是专科的优势病种。开展了十余种中医特色治疗方法如：中药结肠透析、皮肤透析、穴位贴敷、穴位注射等。研制有系列疗效独特的院内制剂10余种如：肾衰清宁胶囊、血尿宁胶囊、肾衰复原胶囊、降氮排毒液等。
4、肝病科
西安市中医院肝病科成立于上世纪50年代，2004年被陕西省中医药管理局批准为省级重点专科，2012年被国家中医药管理局批准为国家级重点专科。专科建设历史悠久，是西北地区第一个中医肝病专科。科室以中医肝病为主要研究方向，形成了独特的学术观点和诊疗方案，临床疗效显著，享誉省内外。
5、骨伤科
西安市中医院骨伤科是坚持突出中医特色、中西医方法并重治疗脊柱、骨关节病的集医疗、科研、教学为一体的特色优势专科，是陕西省中医药管理局重点专科。科室分设设脊柱病区、综合关节病区、中医特色综合治疗室三个病区，同时门诊设脊柱病门诊、创伤关节病门诊、综合及骨质疏松门诊。
