山东大学齐鲁医院擅长妇产科、血液内科、康复医学科、急诊科、风湿免疫科，科室专业力量雄厚，专科疾病诊治位于国内，甚至国际领先水平。
1、妇产科
是具有百年历史积淀的我国妇产科领域优势学科，分为妇科肿瘤、微创妇科、妇科泌尿、妇科内分泌等七个专业，其中妇科肿瘤为本学科优势专业，在全国妇产科学界享有盛誉。学科在卵巢癌基因治疗关键技术研发、早期诊断临床蛋白质组学技术、产前诊断技术等方面取得重要成果。
2、血液内科
是国家临床重点专科，血液病学科亚专科体系健全，包括血栓与止血、白血病等，在ITP发病机制、特异性诊断和靶向干预策略，以及白血病的生物学行为异常、耐药及干预逆转等研究方面处于先进水平。
3、康复医学科
为集医疗、教学和科研于一体的现代化康复医学中心，获批国家临床重点专科建设项目，承担齐鲁医院临床各科室患者疾病、损伤的急性期临床康复，提供早期、专业的康复医疗服务；同时开展规范的亚急性期、慢性期疾病的系统性规范化康复治疗。
4、急诊科
是国内第一批成立的急诊科室之一，近年来在复旦专科声誉排行榜中均位列前三甲，居山东省榜首。科室是山东省卫生系统急危重症医学重点实验室，围绕心脏骤停及心肺脑复苏、以胸痛为主的急性心血管疾病、医疗大数据与人工智能等方向开展深入的临床、基础及转化研究。
5、风湿免疫科
科室参与了国内和国际多中心临床试验30余项，尤其是在类风湿关节炎治疗方面，在国内第一批参与各种生物制剂（抗肿瘤坏死因子、抗IL-6和抗IL-1单克隆抗体、CTLA-4）及小分子化合物（JAK抑制剂）治疗类风湿关节炎国际多中心临床药物试验及临床应用等，提高了病情观察评估能力，造福众多的风湿患者。