中国人民解放军陆军第九五八医院擅长的科室有心血管内科、神经内科、肾病泌尿中心等。
1、心血管内科
中国人民解放军陆军第九五八医院心血管内科拥有高学历、高素质的技术团队及射频仪，多导心电生理记录仪、心电程控刺激仪、起搏除颤仪、心功能检测仪、心电监护仪等先进医疗设备。率先在重庆市开展射频消融治疗室上性心动过速，迄今积累病例千余例，并相继开展了二尖瓣环气囊扩张术、心脏起搏器安置术、冠状动脉内支架安置术等治疗项目。其心血管疾病的介入手术治疗已达到国内先进水平，在重庆地区有较高的知名度。
2、神经内科
中国人民解放军陆军第九五八医院神经内科以急性脑血管病发病机制研究及临床救治为特色，每年收治脑出血、脑梗塞、蛛网膜下腔出血、短暂性脑缺血发作患者300余人次。成功抢救了大量的重危患者，抢救成功率达90%以上。
3、肾病泌尿中心
中国人民解放军陆军第九五八医院肾病泌尿中心由泌尿外科专业及肾病专业组成，展开床位34张，人才结构合理，现有博士1名，硕士6名，在创 伤性尿道狭窄的腔内治疗等方面具有技术优势，誉满山城，并在西南地区率先开展父亲为女儿捐肾的肾移植手术。