儿童消化科好的医院有复旦大学附属儿科医院、首都医科大学附属北京儿童医院、浙江大学医学院附属儿童医院等。复旦大学附属儿科医院消化科成立了全国首个儿童炎症性肠病俱乐部，年门诊量在上海乃至全国儿童医院位居榜首；首都医科大学附属北京儿童医院消化科在食物过敏症等疾病的诊治方面处于国内领先水平；浙江大学医学院附属儿童医院消化内科各项工作均走在全国和全省前列。
第一名：复旦大学附属儿科医院-消化科
复旦大学附属儿科医院消化科作为中华医学会消化病学分会炎症性肠病学组儿科协作组首届组长单位，一直致力于儿童炎症性肠病的早期诊断和规范治疗。成立了全国首个儿童炎症性肠病俱乐部、国内首个儿童炎症性肠病多学科团队。作为中华医师协会儿科医师分会儿童消化内镜学组首届组长单位，科室在内镜微创治疗方面亦有突出成绩，率先在国内开展儿童贲门失弛缓和食道胃底静脉曲张内镜下微创治疗等项目。年消化专科门诊量在上海乃至全国儿童医院位居榜首。
第二名：首都医科大学附属北京儿童医院-消化科
首都医科大学附属北京儿童医院的消化科，在全国小儿消化方面处于前列。擅长诊治儿科常见消化系统疾病，如腹泻病、幽门螺杆菌感染、胃食管反流病、消化性溃疡、婴儿肝炎综合征、炎症性肠病、急慢性胰腺炎等，对少见病、疑难病症的诊治及急危重症抢救和处理亦具有较高水平，其中食物过敏症、小肠淋巴管扩张症、胃肠动力性疾病、炎性肠病和幽门螺杆菌感染的研究是科室的特色优势，处于国内领先水平。
第三名：浙江大学医学院附属儿童医院-消化内科
浙江大学医学院附属儿童医院消化内科临床、科研、教学等各项工作均走在全国和全省前列。科室由消化专科病房、消化内窥镜室、消化病动力检查室和消化病实验室等组成，开设了消化专科门诊、专家咨询门诊、肝炎门诊等特色门诊。儿科消化专业在全国属领先地位，对胃食道反流、慢性胃炎、消化性溃疡、小儿消化道出血、小儿急性腹泻、小儿慢性腹痛、小儿便秘等小儿胃肠病有一系列成熟的诊断和治疗方案。
第四名：上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心-消化内科
上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心消化内科是集临床、科研、教学为一体的科室。是上海市儿童肝病中心、儿童胆胰疾病诊治中心。对儿童肝胆胰腺疾病、幽门螺杆菌感染、胃炎、消化性溃疡、胆汁淤积性肝病有相当丰富的诊治经验。临床诊疗技术水平位于国内前茅。ERCP手术数量以及手术难度居全国儿童医院前列。
第五名：上海交通大学医学院附属新华医院-小儿消化营养科
上海交通大学医学院附属新华医院小儿消化营养科是上海交通大学医学院临床潜力学科，是交通大学医学院协同创新团队之一。收治病种涉及肝胆、胰腺、胃肠、营养多个亚专业，且疑难病例占多数，在小儿肠衰竭诊治方面尤显特色。部分领域发展达到了国内领先水平。在经内镜逆行性胰胆管造影（ERCP）、经皮内镜下胃造口（PEG）和经皮内镜下胃造口空肠置管（PEG/J））等技术的应用处于国内领先水平。
第六名：广州市妇女儿童医疗中心-消化科
广州市妇女儿童医疗中心消化科，2011年成为国家临床重点专科，现为中华医学会儿科学分会消化学组副组长单位。除开展儿童消化系统常见疾病如腹泻病、急慢性胃炎、消化性溃疡等常见病诊治外，对儿童消化道危重疑难病如重症胰腺炎、消化道出血、炎症性肠病等疾病有较高的诊治水平。在儿童IBD发病机制及药物治疗方面，发表的主要SCI原创论文有cell、JournalofAllergyandClinicalImmunology各一篇。
第七名：四川大学华西第二医院-小儿消化科
四川大学华西第二医院小儿消化科已成为西南地区富有盛誉的儿童消化系统疾病诊治中心，现为中华医学会儿科学分会消化学组委员单位，配有设备齐全的消化内镜中心及消化功能室。下属的消化内镜室是四川省规模最大、成立最早的儿童消化内镜诊疗机构，年诊疗数量及四级技术在西南地区均处于领先地位。对疑难危重疾病如消化道大出血、炎症性肠病、重症急性胰腺炎等以及消化相关罕见病具有较高的诊治水平，在营养管理上也具有丰富的临床经验。
第八名：中国医科大学附属盛京医院-小儿消化科
中国医科大学附属盛京医院小儿消化内科是儿科学系中的一个重要学科，2011年成功获批为卫生部国家临床重点专科建设项目。在巨细胞病毒肝炎、胆汁淤积性肝炎、小儿各种肝病及重症胰腺炎的诊治在国内都达到先进水平。对各种原因腹泻、胃病的诊治、消化性溃疡、消化道出血、炎症性肠病、嗜酸细胞性胃肠炎、肠淋巴管扩张症、腹型过敏性紫癜等疑难重症的诊治在国内也达到先进水平。
第九名：重庆医科大学附属儿童医院-儿内科
重庆医科大学附属儿童医院是集医教研为一体的国家三级甲等综合性儿童医院，国家儿童区域医疗中心（西南）、国家一流本科建设单位、国家临床医学研究中心。国家发改委优质医疗资源输出单位。是首批儿科学国家重点学科、教育部重点实验室、儿科唯一获得肝移植资质的儿童医院。在全国最佳医院排行榜中连续11年蝉联专科综合排行前三甲，2020年度儿内科居全国儿童医院第三位，儿外科与复旦儿外科并列第二位，连续12年进入中国医院百强榜。2020年中国医院科技量值(SETM)排名中，我院综合居全国儿童医院第三位、儿科学居第三位。
第十名：北京大学第一医院-儿科
北京大学第一医院儿科是我国最早建立起来的现代儿科之一，是“211工程”重点学科的组成部分，连续多年被评为国家重点学科，是国家级继续教育基地、卫生部专科医师培训基地。2010年儿科重症专业获批卫生部儿科国家临床重点专科。2019年获批中国脊髓性肌萎缩症诊治中心联盟牵头单位之一，中国儿童心血管专科联盟、中国儿童晕厥中心、北京市新生儿先天性心脏病筛查机构及诊断机构。收治病种包括消化性溃疡、消化道出血、炎症性肠病等。