北京中西医结合医院擅长肾内科、脑病科、心血管内科、针灸科、普外科。这些科室都有着高超的诊疗技术，患者可根据自身需求选择。
1、肾内科
是国家中医药管理局“十二五”中西医结合肾病重点专科建设单位，是北京中医药大学中西医结合临床肾病专业博士、硕士研究生培养点，集医疗、科研、教学为一体。科室以中西医结合治疗肾病糖尿病为研究方向，含括肾病、糖尿病和血液透析临床与基础研究三个专业，突出中医优势，发挥中医特色，中西融合、个体化治疗，并取得良好疗效。
2、脑病科
是北京市中医管理局中西医结合脑病重点专科，是北京中医药学会仲景学说专业委员会挂靠单位。主要运用中西医结合诊疗措施治疗急慢性脑血管病、头痛、眩晕等疾病，其中“五位一体”偏瘫康复治疗新模式治疗中风偏瘫，疗效显著，深受患者好评。
3、心血管内科
是北京中医药重点学科、国家中医药管理局中药药理（心血管）的三级实验室。常规开展心血管常见病、多发病和部分疑难杂症的规范化诊断和治疗。目前对冠心病、不稳定型心绞痛、心功能不全、心肌梗死、高血压、心律失常、高脂血症等心血管疾病开展中西医结合治疗，具有非常好的疗效。
4、针灸科
为海淀区重点建设学科，是北京市中医药针灸团队基地，拥有国家级及市级名老中医学术继承工作室，集医疗、教学、科研为一体。科室中医特色鲜明，整合针灸、推拿、康复、理疗为一体。擅长治疗中风偏瘫、颈肩腰腿痛、眩晕、膝骨关节病、面瘫、带状疱疹及各类疑难杂症等。
5、普外科
为北京中医药大学中西医结合外科临床硕士研究生培养基地。科室技术力量雄厚，配备有先进的微创手术检查设备，为疾病的诊治提供有利的保障。科室以中西医结合治疗为特色，常规手术与微创技术相结合，并取良好疗效。