南京牙周科医院排名比较靠前的是江苏省口腔医院、南京市口腔医院、南京医科大学第一附属医院。
江苏省口腔医院牙周病科是江苏省临床重点专科，省内最早、国内较早成立的牙周专科，临床技术国内领先，科研教学体系完善。南京市口腔医院牙周病科是江苏省临床重点专科、国家级规培基地，华东特色牙周专科，微创与疑难牙周诊疗水平突出。南京医科大学第一附属医院口腔科是江苏省综合医院口腔科前列，牙周诊疗规范，综合口腔诊疗实力强劲。
1. 江苏省口腔医院 牙周病科
江苏省口腔医院牙周病科是江苏省临床重点专科，为江苏省最早、国内较早成立的牙周病专业科室。科室医师均为硕士及以上学位，配备口腔显微镜、激光仪、超声牙周治疗仪等先进设备，擅长牙周炎、牙周 - 牙髓联合病变、种植相关牙周疾病诊疗，开展牙周翻瓣、引导组织再生、膜龈手术等特色技术，重度牙周疑难病例多学科综合诊疗经验丰富，临床技术国内领先。
2. 南京市口腔医院 牙周病科
南京市口腔医院牙周病科是江苏省临床重点专科、国家级口腔医学住院医师规培基地，为华东地区特色牙周专科。学科带头人担任中华口腔医学会牙周专委会候任主委等重要学术职务。
科室以微创牙周治疗为核心特色，开展微创刮治、牙周内窥镜诊疗、自体牙骨移植、美学牙周手术、种植体周围炎治疗等，擅长牙周罕见病与遗传病诊治，微创及牙周再生技术达到行业领先水平，集临床、教学、科研、预防于一体。
3. 南京医科大学第一附属医院 口腔
南京医科大学第一附属医院口腔科位居江苏省综合医院口腔科前列，是南京医科大学口腔医学硕士点、省级继续教育基地，在国家级、省级口腔及康复学会担任重要职务。
科室亚专科齐全，牙周诊疗为优势项目，配备口腔显微镜等先进设备，可开展规范化牙周基础治疗与手术治疗，承担多项省部级科研项目。秉持人文诊疗理念，牙周疾病诊疗规范成熟，综合口腔医疗服务优质全面。
4. 南京鼓楼医院 口腔科
南京鼓楼医院口腔科以牙周、种植、正畸等为特色专科，拥有高端锥形束 CT、EMS 牙周治疗仪、CGF 离心机等先进设备。牙周专业可开展规范化龈上洁治、龈下刮治、根面平整及各类牙周手术，诊疗精准规范。
学科带头人秦海燕为医学博士、南加州大学博士后，在口腔领域学术地位突出。科室依托高端设备与专业团队，实现牙周疾病微创诊疗，同时联动多学科开展联合治疗，构建系统化诊疗体系，为牙周患者提供安全、优质的医疗服务。
5. 东南大学附属中大医院 口腔科
东南大学附属中大医院口腔科是省市三级甲等医院中颇具影响力的口腔专科，医技团队结构合理，高级职称人员在省市级口腔医学会任职，硕博学历占比高。科室牙周诊疗特色鲜明，擅长牙周病的联冠、套筒冠修复及夜磨牙合板治疗，可完成各类常规牙周疾病诊治。
科室同时具备口腔颌面部肿瘤、先天畸形、颌面外伤等疑难疾病诊疗能力，临床技术全面，兼顾科研与教学工作，持续优化技术与服务，牙周及综合口腔诊疗质量广受患者认可。
