全国肛瘘医院排名第一的是上海交通大学医学院附属瑞金医院，需就诊于肛肠外科，该医院肛肠外科在全国有广泛的社会影响，临床医生在疑难肛肠疾病治疗方面深有造诣，具有自身的特色与专长。此外，比较好的还有浙江大学医学院附属第一医院结直肠外科、北京协和医院基本外科，其中浙江大学医学院附属第一医院结直肠外科对肛周疾病的诊治达国内领先水平，北京协和医院基本外科在我国医学史上有着辉煌的业绩。
第一名：上海交通大学医学院附属瑞金医院-肛肠外科
上海交通大学医学院附属瑞金医院肛肠外科，是该院特色专业之一，在全国有广泛的社会影响。拥有国内外知名的专家教授，在疑难肛肠疾病治疗方面深有造诣。专业治疗肠道（小肠、结肠、直肠）肿瘤、肛肠（如肛瘘、痔疮）等疾病。对肠道与肛管疾病的治疗有自身的特色与专长。除拥有先进的治疗设备与仪器，还自行发明一系列实用的手术与照明器械，在减轻病人痛苦的同时，提高了手术的成功率。
第二名：浙江大学医学院附属第一医院-结直肠外科
浙江大学医学院附属第一医院结直肠外科，专科特色对结直肠癌、肛周疾病（痔、瘘、裂）、功能性便秘、炎症性肠病、造口及慢性伤口等的诊治均达国内领先水平；对处理各种疑难复杂的大肠肛门疾病亦已具备丰富的经验和很高的水准；年平均结直肠肿瘤收治病例数为全省最多；结直肠癌多学科诊疗（MDT）达国内领先水平。
第三名：北京协和医院-基本外科
北京协和医院基本外科在我国医学史上有着辉煌的业绩，涌现出很多全国甚至国际闻名的医学专家，是与医院院龄相同的核心科室之一。科室在国内最早细化建立专业组，现已成为普外领域全国疑难重症疾病的诊治中心，拥有结构合理、素质优秀的人材梯队，多名专家在中华医学会和国内外杂志担任各种领导职务。其中结直肠组对结直肠息肉、肛周疾病（痔、瘘）等具有丰富的临床经验。
第四名：复旦大学附属中山医院-普外科
复旦大学附属中山医院普外科目前是国家“211工程”建设重点学科、教育部国家重点学科和卫计委国家临床重点专科。在临床营养、胃肠外科、胆道外科、胰腺外科以及胃肠动力等领域形成研究特色。目前，中山医院普外科以亚专业学科建设为主要方向，以多学科协作诊治（MDT）、内镜与微创外科为重要平台。收治病种包括胆结石、肛瘘、肛裂等。
第五名：中国人民解放军总医院-普通外科医学部
中国人民解放军总医院普通外科医学部，下设腹部创伤外科、胃外科、结直肠外科等亚专科。近年来，获国家科技进步二等奖1项，军队、省部级一等奖4项，省部级二等奖8项。其结直肠外科是是普通外科医学部运行编制最大的亚专科，国内最早开展机器人辅助直肠癌根治术。在治疗肛裂、结直肠癌等方面积累了丰富的经验。
第六名：华中科技大学同济医学院附属同济医院-普通外科
华中科技大学同济医学院附属同济医院普通外科，是国家教委的全国重点学科，在国内乃至国际外科界均享有较高的声誉。科室诊治的疾病主要有胃肠疾病，如采用电子胃镜、纤维结肠镜等早期诊断胃肠疾病并及时予以手术，肛裂的手术治疗；门脉高压症和脾脏外科；血管疾病等。
第七名：中山大学附属第一医院-普通外科
中山大学附属第一医院普通外科是国家重点学科、国家卫生部临床重点专科、广东省普通外科质量控制中心，现已成为华南地区最大型的普外科医疗、教学、科研、培训的重要基地，有多个临床或科研项目处于国内领先的地位，在国内外尤其是港澳地区及东南亚一带享有较高的声誉。主要治疗肝胆疾病、胃肠疾病、肛周疾病（如瘘、痔、裂）等。
第八名：北京大学人民医院-腔镜外科
北京大学人民医院腔镜外科，在治疗肝胆、胃肠、胰腺、脾脏、甲状腺及甲状旁腺、各类疝气等疾病有着较为丰富的外科治疗经验。作为国内较早引入肛垫下移学说的医疗中心，专注于肛肠疾病治疗，采用中西医结合的特色诊疗方法，涵盖混合痔、肛裂、肛瘘、藏毛窦、便秘等各类肛肠盆底疾病。
第九名：北京市肛肠医院
北京市肛肠医院是全国最大的以诊治各种复杂、疑难和重症肛肠疾病为特色的三级甲等中西医结合医院。其肛肠外科诊疗核心技术位于国内国际领先水平，在肿瘤、炎性肠病、失禁、便秘、重症感染等疑难重症疾病诊治上，开展经肛门全直肠系膜切除手术、经自然腔道取标本手术，在国内率先开展视频辅助肛瘘治疗等，不断进行肛肠诊治的国际国内最新实践。
