北京胃肠外科医院排名靠前的是北京协和医院、北京大学人民医院、中国人民解放军总医院。
北京协和医院基本外科国内最早细化专科分组，胰腺外科等微创技术国际一流。北京大学人民医院胃肠外科国家临床重点专科，结直肠癌肝转移、腹腔镜微创等领域达国际领先水平。中国人民解放军总医院普通外科医学部国际率先提出胃癌肝转移临床分型，胃肠肿瘤微创与疑难重症诊治实力突出。
1.北京协和医院 基本外科
国内最早细化建立胰腺、胃肠等专业组，是普外领域全国疑难重症诊治中心。用于直肠良恶性病变治疗，临床效果显著。依托医院综合优势，成立多个疑难病专业组，开展多学科诊疗，在胃肠肿瘤早期诊断与综合治疗、罕见病外科干预等方面达国际一流水平。
2.北京大学人民医院 胃肠外科
科室前身为中央医院普外科胃肠专业组，是卫生部国家临床重点专科、北京市重点学科，同时为英国爱丁堡外科学院和香港外科学院住院医师培训基地。国内最早开展并推广胃肠道肿瘤MDT模式，在消化道恶性肿瘤综合治疗、结直肠癌肝转移外科治疗、腹腔镜微创手术、胃肠间质瘤治疗等领域保持国际领先水平。
在甲状腺及甲状旁腺结节、复杂肛肠和盆底疾病手术方面也处于全国领先地位，形成多途径立体治疗模式，全面提升临床诊疗水平。
3.中国人民解放军总医院 普通外科医学部
下设胃外科、结直肠外科等5个亚专科，拥有68名高职专家。国际上率先提出胃癌肝转移临床分型，达国际一流水平。近在胃肠肿瘤微创治疗领域造诣深厚，完成国内首例达芬奇机器人直肠癌根治术，腹腔镜与机器人手术技术成熟，为胃肠肿瘤患者提供精准化、个体化的全流程诊疗服务。
4.北京大学第一医院 普通外科
科室是北大医院百年传统核心科室，为博士学位授权单位、临床医学博士后科研站。胃肠外科为传统优势亚专科，在贲门癌等复杂手术领域以技术创新攻克治疗难题，借助机器人手术实现精准切除与功能保留。肛肠外科率先开展Delorme手术、LIFT-PLUG手术等国际前沿术式，推行快速康复理念缩短住院时间。
科研上率先提出胆石成因“胆红素钙”沉淀-溶解平衡学说等多项国内外首次报告成果，连续举办多届国家级腹腔镜、胰腺外科等继续教育项目，扩大了微创领域影响力。
