通化市中心医院擅长的科室有肾内分泌内科、呼吸内科、消化内科、甲状腺乳腺外科、肝胆胰外科等。
1、肾内分泌内科
通化市中心医院肾内分泌内科始建于2001年，是通化地区综合技术力量最强的肾脏病及内分泌专科。科室对原发性及继发性肾脏疾病的诊疗具有丰富经验，将肾活检技术应用为肾脏疾病的诊疗。被评为吉林省肾病、内分泌代谢病、糖尿病委员单位，通化市糖尿病主任委员单位，是通化市肾病质控中心主任委员单位。
2、呼吸内科
通化市中心医院呼吸内科，现为通化市中心医院特色专科，主要诊疗病种为呼吸系统感染性疾病、慢性阻塞性肺病、肺心病、支气管哮喘、肺栓塞、间质性肺病、肺癌、呼吸衰竭等疑难重症疾病。科内硬件设施有心电图机、血气分析仪、肺功能测试系统、呼吸睡眠监测仪。抢救设施有呼吸机、除颤仪、监护仪、微量泵，每张床均配备负压吸引器，抢救药品齐全，能够保证受试者的安全。
3、消化内科
通化市中心医院消化内科有胶囊内镜、肝病治疗仪等先进治疗设备。对消化系统常见病多发病诊治积累了丰富的临床经验。食道炎、胃炎、消化道溃疡、慢性炎性肠病、功能性胃肠病、重症胰腺炎、病毒性肝炎、肝硬化、酒精性肝病、肝性脑病、上消化道出血以及各种食物中毒的诊治有独道之处。肝病治疗仪治疗脂肪肝、酒精肝取得明显疗效。
4、甲状腺乳腺外科
通化市中心医院甲状腺乳腺外科历史悠久，在建院之初就成立了，是医院的重点科室。全体医生在甲状腺手术技巧方面水平提升很快，甲状腺次全切、全切，侧颈淋巴结清扫，术中喉返神经全程显露、探查、保护技术已经被各级医生掌握，完全达到地区领先，甚至达到省内先进水平。
5、肝胆胰外科
通化市中心医院肝胆胰外科是医院重点科室，医疗、护理技术力量较强，拥有先进的医疗设备，腹腔镜、胆道镜、十二指肠镜技术在地区内的医院中开展较早，建立胆囊结石、肝内、外胆管结石的“三镜”联合微创化治疗体系，开展了腹腔镜结、直肠癌根治性手术，手术技术在地区内处于领先水平。