中国中医科学院广安门医院南区擅长的科室有内分泌科、肿瘤科、肾病科、脾胃病科、骨科等。
1、内分泌科
中国中医科学院广安门医院南区内分泌科，是国家中医药管理局“十一五”国家级重点专科、大兴区重点学科建设单位，拥有胰岛素泵、动态血压监测、多普勒血流探测仪及肌电图与诱发电位仪等先进医疗设备。治疗的主要病种包括糖尿病及其并发症、甲状腺疾病、肥胖等。牵头6项科研课题，其中市级课题1项，区级课题3余项，近年来共发表核心期刊6篇。
2、肿瘤科
中国中医科学院广安门医院南区肿瘤科，是国家级重点学科建设单位。目前科室融医疗、科研、教学为一体，下设医疗科研两大系统。在医疗方面设有门诊和病房，采用中医、中西医结合的方式，开展中医药配合放、化疗增强疗效等的特色治疗。
3、肾病科
中国中医科学院广安门医院南区肾病科是国家中医药管理局重点专科，是大兴区重点学科建设单位，拥有血液透析机、腹膜透析机等先进医疗设备。治疗病种包括肾劳、肾风、水肿等。该科室以中西结合为主要特色，以擅长治疗肾劳、肾风、水肿而著称，其中多个项目获科研成果奖励，多年来应用益气活血、利湿降浊法治疗肾劳早期气虚血瘀症的方法，疗效可靠，深得广大患者好评。
4、脾胃病科
中国中医科学院广安门医院南区脾胃病科，是中医管理局重点学科建设单位，拥有电子胃镜、电子结肠镜、Ｃ型臂等先进医疗设备。治疗病种包括慢性胃炎、胃溃疡、十二指肠溃疡等。该科以中西结合为主要特色，以擅长慢性胃炎、功能性胃肠病等疾病为优势，脾胃病科多年来应用健脾和胃法治疗功能性胃肠病；疏肝健脾、温中散寒艾灸治疗腹泻性肠易激综合征；辛开苦降法治疗胃食管反流病；健脾活血法治疗萎缩性胃炎等。疗效可靠，深得广大患者好评。
5、骨科
中国中医科学院广安门医院南区骨科是市中医管理局重点专科，拥有进口移动式C型臂X光机2台、进口骨科专用手术床、进口关节镜等先进医疗设备。治疗病种包括各种四肢骨折与关节脱位、脊柱骨折与脱位及脊柱相关类急慢性疾病等。该科以中西医结合为主要特色，以擅长中西医保守治疗各种骨科常见病而著称；手术方面，擅长治疗各种骨折与脊柱、骨关节疾病的手术治疗，开展了膝关节、肩关节镜的手术治疗，损伤小，经济性高，深得广大患者好评。