南京排名第一的不孕不育医院是南京鼓楼医院，不孕不育一般挂生殖医学中心。该医院生殖医学中心是江苏省妇幼保健重点专科，是国家卫生部首批批准开展人类辅助生殖技术5家单位之一。其他排名比较靠前的医院还有江苏省妇幼保健院、南京医科大学第一附属医院等。江苏省妇幼保健院生殖中心是生殖医学国家重点实验室的临床基地，在国内具有领先的地位；南京医科大学第一附属医院在常规辅助生殖技术的规模、技术种类和诊疗水平上，一直在国内保持先进的地位。
第一名：南京鼓楼医院-生殖医学中心
南京鼓楼医院生殖医学中心是江苏省妇幼保健重点专科，是江苏省“十二五科教兴卫工程” 生殖医学创新团队、国家卫生部首批批准开展人类辅助生殖技术5家单位之一。常规开展宫腔内人工授精技术（IUI）、体外受精-胚胎移植（IVF-ET）、卵细胞浆内单精子注射技术（ICSI）、配子与胚胎冻融技术、胚胎种植前遗传学诊断技术（PGD）、卵子赠送技术、未成熟卵体外成熟培养技术（IVM）等一系列辅助生殖技术。
第二名：江苏省妇幼保健院-生殖中心
江苏省妇幼保健院生殖中心是生殖医学国家重点实验室的临床基地，担任多个国家级、省部级科研项目的研究任务，组织全省多中心的研究课题。有试管婴儿手术室和现代化的胚胎实验室。配备了经验丰富的医护团队及技术精湛的胚胎专家，实施包括夫精人工授精（IUI-AIH）、供精人工授精（IUI-AID）、和各项试管婴儿的技术等。试管婴儿的微刺激和自然周期方案，是生殖中心的特色项目，在国内具有领先的地位。
第三名：南京医科大学第一附属医院-生殖医学中心
南京医科大学第一附属医院临床生殖医学中心是国家生殖医学重点实验室临床中心、国家临床重点专科建设项目单位、卫生部辅助生殖技术培训基地、省医学重点学科、省生殖健康与不孕症质控中心、江苏省生殖健康与不孕症诊疗中心、省临床生殖医学研究中心、省妇幼保健重点学科，是卫生部首批技术准入开展辅助生殖技术的单位。 中心在常规辅助生殖技术的规模、技术种类和诊疗水平上，一直在国内保持先进的地位。有IVF中心、微创手术中心、微刺激治疗中心、研究中心等7个单元，具有每年进行约6000个试管婴儿取卵周期的业务规模。
第四名：南京市第一医院-妇产科
南京市第一医院妇产科，是南京医科大学临床医学妇产科学硕士学位授予点，江苏省临床重点专科建设单位，南京市临床重点专科。妇产科拥有雄厚的技术力量，临床诊疗内容全面。科室以早产预防及治疗，妊高症管理，妊娠期糖尿病，危急重症救治、辅助生殖等为专科特色，同时积累了丰富的治疗经验。
第五名：南京市第二医院-妇产科
南京市第二医院妇产科是江苏省重点学科、专科，科室常规开展妇产科常见病、多发病、疑难病的诊治，在不孕不育等方面经验丰富，擅长妊娠合并症、并发症及难产的处理。在妊娠肝病方面及乙肝病毒母婴传播阻断开展了多项临床研究，建立了妊娠肝病母婴管理流程、精准治疗及完整的母婴随访系统，形成了显着的技术特色。
第六名：江苏省中西医结合医院-妇产科
江苏省中西医结合医院妇产科，是江苏省中医重点专科，分为产科和妇科两大科室。其中，率先在南京城北地区开展分娩镇痛、导乐陪伴分娩，开展孕期保健、产前诊断、高危妊娠管理，并帮助孕妇制定分娩计划。妇科能熟练开展各种妇科肿瘤及不孕不育的规范化治疗，尤其是腹腔镜下全子宫切除、广泛全子宫切除、盆腔腹主动脉旁淋巴结清扫等。
第七名：南京医科大学附属江宁医院-妇产科
南京医科大学附属江宁医院妇产科下设妇科和产科。妇科腔镜中心可以熟练开展各类四级妇科内镜手术，腹腔镜下妇科恶性肿瘤手术、重度子宫内膜异位症等，同时在不孕不育等方面经验丰富。产科拥有配置先进一流的产房和独立的产科手术室，是一支技术全面、实力雄厚的专科队伍。
第八名：南京市中西医结合医院-妇产科
南京市中西医结合医院妇产科，是集临床医疗、科研、教学为一体，以中西医结合治疗为特色的科室。设有妇科和产科，妇科为江苏省中医重点专科，在中西医结合治疗盆腔炎、恶阻、胎动不安（胎漏）、妊娠胆汁淤积、不孕不育等病种方面有独到之处。产科为南京市孕产妇危急重症救治中心所在地，迄今已有近60年的建科历史，也是南京市第一批挂牌的爱婴医院。
