北京传染病医院有首都医科大学附属北京地坛医院、北京协和医院、北京大学第一医院等多个。首都医科大学附属北京地坛医院是以传染病学为重点和特色的三级甲等医院，为国家传染病医学中心主体医院。北京协和医院感染内科已成为集医疗、科研、预防和人才培养的国家级传染病的医疗诊治、医学教育和医学研究中心。北京大学第一医院抗感染科对于细菌感染性疾病合理使用抗菌药物，在耐药菌感染治疗上有优势。
第一名：首都医科大学附属北京地坛医院
首都医科大学附属北京地坛医院是一家以传染病学为重点和特色的三级甲等医院，集医疗、科研、教学、预防于一体，为国家传染病医学中心主体医院。拥有国家卫健委（原卫生部）感染病临床重点专科、国家中医药管理局中医肝病重点专科、国家中医药管理局中医传染病重点专科及重点学科。具备传染病综合诊疗能力和疑难危重传染病救治先进技术，引领和推动国家传染病医学发展。
第二名：北京协和医院-感染内科
北京协和医院感染内科已成为国内一家集医疗、科研、预防和人才培养的国家级传染病的医疗诊治、医学教育和医学研究中心。是感染性疾病博士学位授予点、卫生部临床重点学科、国家级感染性疾病继续教育基地。在复旦大学医院管理研究所最佳专科声誉排行榜名列第七。北京协和医院作为全国艾滋病诊疗的“领头羊”，不仅在面临抗病毒药物匮乏、副作用大的历史阶段下迎难而上，建立了“十五攻关”“十一五”和“十二五”等引领全国艾滋病领域的多项临床研究，更在新时期下的艾滋病多脏器功能研究方面走在全国最前列，利用综合医院的多学科优势，建立了具有特色的多学科合作的“协和综合模式”。
第三名：北京大学第一医院-抗感染科
北京大学第一医院抗感染科由我国著名临床药理学家李家泰教授创建并任首任所长。为我国第一个临床药理研究所，是我国临床药理高级学术研究机构和抗生素研究中心之一，也是我国最早的卫生部药物临床研究基地。主要收治发热待查、呼吸道感染、尿路感染、皮肤软组织感染等患者，对于细菌感染性疾病合理使用抗菌药物，在耐药菌感染治疗上有优势。。
第四名：首都医科大学附属北京佑安医院
首都医科大学附属北京佑安医院是一家以感染、传染及急、慢性相关性疾病群体为主要服务对象和重点学科，集预防、医疗、保健、康复为一体的大型综合性医学中心。拥有肝病内外科、肝移植、肿瘤微创治疗、免疫与生物治疗、感染与艾滋病诊治等国内领先学科。医院是国内最早开展人工肝技术的医院，每年救治严重肝衰竭患者500余例，开展肿瘤微创介入手术8000余台。
第五名：北京大学第三医院-感染疾病科
北京大学第三医院的感染疾病科是一个完整独立的临床科室，有良好的就医环境，该科室开展急性/慢性乙型肝炎、丙型肝炎的规范化抗病毒治疗。同时还承担各种肝炎、肝病相关知识的咨询，如肝病相关化验的解释、肝病患者生活饮食运动注意事项、乙肝携带者的管理、乙肝的预防及母婴阻断等。
第六名：北京大学人民医院-肝病研究所
北京大学人民医院的肝病研究所，已发展为集科学研究、临床治疗、临床检验为一体的综合性研究所，下设有肝病科、感染科、检验实验室、肝病研究所等部门。肝病研究所以肝炎病毒和所致疾病的诊断、治疗及预防为主要研究方向，研制了我国第1支血源性乙肝疫苗，为北京市丙型肝炎和肝病免疫治疗重点实验室、感染病国家重点专科。
第七名：北京天坛医院-感染科
北京天坛医院的感染科是感染疾病诊疗和传染疾病防控的专业科室，包括感染科门诊、发热门诊、肠道门诊和感染科病房，在肺部感染及其他各器官感染诊疗方面逐渐形成科室诊疗特色，还擅长不明原因发热患者的鉴别、诊疗，多学科协作进行各类脓肿的诊疗等。曾经诊疗特殊病例包括盆腔组织脓肿、化脓性胆管炎、腰椎结核伴寒性脓肿、恙虫病、布氏杆菌病等。
