深圳市精神卫生中心擅长临床心理科、儿少精神科、双相情感障碍科、抑郁障碍科、睡眠医学科。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、临床心理科
科室提供专业的心理咨询，同时参与政府下达的危机干预服务。种类丰富的团体心理治疗是科室特色，涉及情绪稳定化团体心理治疗、EMDR创伤团体心理治疗、非暴力沟通团体心理治疗等，其中EMDR创伤治疗领域在国内具有积极影响力。
2、儿少精神科
科室规模、资源配置、服务项目及形式位于国内儿童精神医学亚专科前列，是深圳市医学重点学科、深圳市医管中心品牌学科等，致力于儿童青少年精神行为障碍的诊疗、预防、科研和教学工作。
3、双相情感障碍科
科室是深圳市公立医院管理中心品牌学科之一，也是国内较早成立的情感障碍专病诊疗中心。人才队伍力量雄厚，主要收治双相情感障碍(包括躁狂症)、抑郁症患者，推行系统专业的治疗和人性化的服务理念。
4、抑郁障碍科
科室实行与国际接轨的开放式病房管理模式，采用生物医学与心理治疗相结合的综合干预模式，充分体现了全新的“生物—心理—社会”现代医学模式概念，具备从门诊到住院一体化的诊疗服务能力，科室坚持以患者为中心，提供优质的医疗服务。
5、睡眠医学科
科室是国内最早成立的睡眠障碍专科之一，人才队伍力量雄厚，对各类失眠障碍、睡眠呼吸暂停、异态睡眠等睡眠相关障碍有较全面的诊疗技术和综合诊疗能力。诊疗手段和治疗措施不断创新，在国内同行界处于领先水平，尤其在慢性失眠的诊治方面技术领先。