福州神经外科比较好的医院是福建医科大学附属第一医院、福建医科大学附属协和医院、福建省立医院，福建医科大学附属第一医院神经外科是首批福建省临床重点专科，连续5年进入华东地区最佳专科排行榜前5名，4次获全国提名。福建医科大学附属协和医院的神经外科是福建省临床重点专科；福建省立医院的神经外科可开展动脉瘤夹闭及介入栓塞术、三叉神经减压术等高难度手术。
第一名：福建医科大学附属第一医院-神经外科
福建医科大学附属第一医院神经外科是首批福建省临床重点专科，是国家首批神经外科专科医师培训基地、福建省癫痫治疗质控中心、福建省优质护理示范科室等，连续5年进入华东地区最佳专科排行榜前5名，4次获全国提名，是国家区域医疗中心三大学科群之一。科室在诊疗项目上，几乎涵盖了国内所能开展的神经外科所有领域的疾病，在诊疗技术上，实现了现代化与微创化，国家神经系统区域医疗中心的所有技术清单均能开展，且达到省内领先、国内先进水平。
第二名：福建医科大学附属协和医院-神经外科
福建医科大学附属协和医院神经外科，是福建省临床重点专科，是福建医科大学重点学科，是福建省一流的神经外科临床医疗、教学、科研和人才培训中心，是全国神经外科继续教育基地之一，也是福建省神经外科研究所挂靠单位。科室医疗、教学、科研总体实力处于全省领先地位，在省内外享有盛誉。
第三名：福建省立医院-神经外科
福建省立医院神经外科，可开展动脉瘤夹闭及介入栓塞术、三叉神经减压术、巨大颅内血管畸形切除术、岩血区脑膜瘤、脑干肿瘤切除术等高难度手术，先后获得省部级以及厅级科研成果奖多项，擅长治疗颅内疾病。
第四名：福建中医药大学附属人民医院暨福建省人民医院-神经外科
福建中医药大学附属人民医院，暨福建省人民医院神经外科，技术力量雄厚，多人为国家级、省级学会委员及青年委员，在省内享有较高声誉。科室配置先进诊疗设备，在微创治疗高血压脑出血、慢性硬膜下血肿方面，积累了丰富的经验。在脑血管病的神经介入治疗方面，开展全脑血管造影术、颅内动脉瘤的介入栓塞等治疗，术后患者恢复快，效果好。
第五名：福建医科大学附属福州市第一医院-神经外科
福建医科大学附属福州市第一医院神经外科是福州市颅脑创伤急救中心，开展颅内动脉瘤夹闭术、颅底肿瘤切除术，脑血管内支架成形术，颅内动脉瘤栓塞术，保留面神经的听神经瘤摘除术，颅内压监测，亚低温治疗，脑皮层脑电图监测下脑瘤摘除术，急性脑梗塞的动脉支架溶栓术，脊髓、脊柱神经微创手术。
第六名：福建省第二人民医院-神经外科
福建省第二人民医院神经外科与各大综合性医院共同承担着本市区颅脑创伤、颅脑肿瘤、脑血管性疾病及各类神经外科疾病的临床诊疗、急危重症病人的救治工作以及福建中医药大学的临床教学、科研。开展包括脑膜瘤、胶质瘤、转移瘤、垂体瘤等各种颅内肿瘤的手术治疗，并联合放化疗进行综合治疗，临床效果显著。可开展各种急危重颅脑损伤的综合救治，硬膜外、硬膜下血肿，脑血肿，脑挫裂伤开颅手术治疗，颅脑外伤后颅骨修补术等。
第七名：中国人民解放军联勤保障部队第900医院-神经外科
中国人民解放军联勤保障部队第900医院神经外科是南京军区神经外科中心、全军候选微创神经外科中心，是福建省规模最大、最具有影响力的一个神经外科。共承担各类研究课题11项，在核心期刊上发表论文160余篇，主编专著3部，主译专著2部，参编专著5部，参译专著2部，获得军队及省级科研成果二、三等奖13项。
第八名：福建中医药大学附属第三人民医院-外三科（神经外科）
福建中医药大学附属第三人民医院的外三科（神经外科），是医院与中国人民解放军联勤保障部队第九〇〇医院（原福州总医院）医疗联合科室，科室集医疗、教学、科研、康复为一体。科室以脑外伤、脑出血的救治及康复为主攻方向，从院前急救、手术、术后重症监护到康复训练均形成了专业的规范流程。
第九名：福建省立金山医院-神经外科
福建省立金山医院神经外科是福建省立医院本部神经外科发展壮大后衍生出来的新兴平台，科室在神经外科微创技术领域处于省内先进水平，其中微创介入技术治疗颅内动脉瘤和微创神经内镜技术治疗垂体瘤，分别获得福建省立医院2008年和2012年技术创新奖，是全国微侵袭神经外科专家委员会福建区域委员所在单位。