南昌大学第一附属医院擅长消化内科、心血管科、肾内科、烧伤科、神经内科。学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，患者可自行就医。
1、消化内科
江西省首个获得国家临床重点专科建设项目的临床医学学科，现已成为省内首个集卫生部“国家临床重点专科”、教育部“211重点建设学科”、江西省“高校重点学科”、“江西省消化系疾病临床医学研究中心”和“江西省消化与消化内镜质控中心”于一体的医学临床医学优势学科，进入我国医学消化专业领域的领先行列。
2、心血管科
国家卫健委心内科介入技术培训基地，近5年来先后承担国家级课题20余项，省部级课题近30项。获国家中医药科技进步二等奖、国家发明三等奖、江西省科技进步奖、自然科学奖、教学成果奖等各类奖项十余项。
3、肾内科
省内最早建立的肾内科之一，是集医疗、教学、科研和人才培养于一体的肾脏病学专科。开展临床和基础相结合的转化医学研究，探讨常见肾脏疾病的发病机制、综合治疗和预防工作。尤其以原发性肾小球肾炎、继发性肾小球肾炎、血管通路、血液透析、腹膜透析为突出研究领域。
4、烧伤科
是江西省烧伤医疗、科研和教学培训中心，先后评为江西省高校重点建设学科、江西省医学领先学科、江西省高校高水平重点学科（重中之重），目前拥有国家级、省级等各类优秀人才，使烧伤危重病人的救治水平显著提高。
5、神经内科
江西省教育厅“十一五”重点学科之一，近几年发表SCI论文100余篇，开展了神经病理、神经免疫、神经肌肉活检、神经分子生物学、神经电生理、神经生化、临床药理、神经流行病学等相关研究。教学、科研及医疗的硬件条件达到省内领先水平。