首都医科大学附属北京胸科医院擅长结核病科、胸外科、肿瘤内科、骨科、放射科。学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出。
1、结核病科
能够规范化诊治各类结核病及相关疾病，肺部疾病的鉴别诊断和常见肺部疾病的规范化诊治等；对难治性耐药结核病、难治性结核性脑膜炎等诊治具有丰富的经验，部分已达国际领先水平；率先在国内开展多项诊断新技术、新方法用于结核病和耐药结核病的诊断，率先开展多种治疗新手段、新方案用于结核病和耐药结核病的治疗。
2、胸外科
已发展成为国内最大的胸外科基地，胸外科创建时期，在国内首创开胸双侧肺切除手术。在国内首次运用针刺麻醉施行肺切除手术获得成功，为中国传统医学走向世界发挥了重要的作用；完成我国第一例同种异体肺移植手术，填补了该领域空白。
3、肿瘤内科
科室技术力量雄厚，获得多项省部级课题、局级课题及横向课题。研究论文发表在Lancet Oncology、Nature Communication等权威杂志上，获得国际和国内同行的认可。每年承担与肺癌有关的多种药物的国际、国内多中心临床试验，是卫生部部属临床抗肿瘤药物药理基地。
4、骨科
对骨关节结核耐药、复发、窦道经久不愈及截瘫等疑难病例的诊治有独到之处，处于国内领先水平。在秦世炳主任带领下，积极开展脊柱结核内固定技术，全关节结核融合外固定及置换技术，先后完成脊柱结核内固定1000余例，关节融合外固定500余例，治愈率95%以上。
5、放射科
是我国较早开展放疗临床工作的科室之一。科室技术经验丰富，可以独立完成全身各部位肿瘤的三维适形放疗(3DRT)、调强放疗(IMRT)、大剂量立体定向放疗(SABR)等高端技术的放疗。肺癌、胸腺瘤、乳腺癌等胸部肿瘤的放疗是科室特色。
