西安市第四医院擅长的科室有儿保中心、新生儿科、眼科、生殖医学中心、耳鼻喉科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、儿保中心
西安市第四医院儿保中心成立于2006年，是以儿童内科为基础，以保健为特色的的临床科室，现为“国家级儿童早期发展示范基地”、“全国儿童生长发育评估与促进健康教育示范基地”、“西安市残联特殊发育儿童定点评估及康复机构”、“西安市重点学科”。设有心理行为、生长发育、营养喂养、高危儿随访、儿童康复、中医保健等二级学科，拥有一支精通医疗、保健及儿童康复的专业队伍。
2、新生儿科
西安市第四医院新生儿科为西安市危重新生儿救治转诊单位，西安市优势医疗专科，中国医师协会全国新生儿专科带头医联体单位。医疗特色包括早产儿系统管理、新生儿复苏、新生儿危重症救治、专业护理技术精湛、新生儿科与眼科合作筛查及治疗早产儿视网膜病等。
3、眼科
西安市第四医院眼科是省、市重点学科和优势专科，包括眼整形眼眶病及泪道疾病中心涵盖眼眶病、整形美容、泪道疾病、鼻眼相关疾病四个亚专业，如眼眶骨折、甲状腺相关眼病、眼眶肿瘤等、各类良恶性眼睑肿瘤的手术切除与重建等。自2013年凭借医院引进的高端人才，西安市第四医院眼整形眼眶病专业得到了迅速发展。
4、生殖医学中心
西安市第四医院生殖医学中心由原西安市卫健委于2001年批准成立，是省、市重点学科和优势专科。主要研究方向包括生殖疾病研究(男女性不孕不育的病因、发生机制及无创性诊断研究)，生殖免疫学研究(子痫前期、复发性流产、反复着床失败的免疫学病因和机制研究)，生殖健康研究(高龄人群生殖健康研究，环境污染与出生缺陷研究)，生殖调控研究(促排卵药物临床应用对妊娠结局的影响)等。
5、耳鼻喉科
西安市第四医院耳鼻喉科于1957年建科，为西安市优势专科，先后承担或参与10余项国家、省部及市局级课题，在SCI、国家核心期刊发表文章100余篇，获省部及地市级奖共4项。科室业务全面，技术特色鲜明：一、头颈部肿瘤（咽、喉、咽旁间隙、腮腺、甲状腺、鼻腔鼻窦肿瘤等）的外科治疗；二、喉气管狭窄、鼾症等气道疾病的治疗；三、耳科疾病的诊治；四、外伤性视神经病变、泪道阻塞等病变的治疗。
