广州呼吸科排名第一的医院是广州医科大学附属第一医院，该医院的呼吸内科是省重点学科、广东省呼吸疾病研究重点实验室，还形成了感染性疾病治疗组等11个具有强大处理疑难危重症能力的专业组。此外，广州呼吸科较好的医院还有中山大学附属第一医院、南方医科大学南方医院，前者的呼吸内科是国家的临床重点专科建设单位、广东省五个一重点专科，后者的呼吸内科医疗科研水平达国内先进水平，参加了多个全球多中心临床研究。
第一名：广州医科大学附属第一医院-呼吸内科
广州医科大学附属第一医院呼吸内科是省重点学科、广东省呼吸疾病研究重点实验室、呼吸内科国家临床重点专科，目前已发展成为综合实力雄厚、堪称国内领先、国际一流的呼吸病学临床诊疗中心。科室在学科总带头人钟南山院士的带领下，形成感染性疾病治疗组、慢性气道疾病治疗组、肺部肿瘤治疗组、肺血管疾病治疗组、间质性肺病治疗组、支气管哮喘专业组等11个具有强大处理疑难危重症能力的专业组，在多个领域拥有多项特色技术，每年诊治大量的疑难重症呼吸病患者，接受全国各地方医院的呼吸疑难危重病人的转诊和会诊。
第二名：中山大学附属第一医院-呼吸内科
中山大学附属第一医院的呼吸内科是国家的临床重点专科建设单位、广东省五个一重点专科、广东省内科学及广东省健康管理学会呼吸分会主委单位，是国内具有先进诊疗水平和业内知名度的专业学科。科室以胸膜疾病、气道炎症性疾病、呼吸系肿瘤、肺部感染性疾病、介入呼吸病学、呼吸危重症与呼吸支持、睡眠呼吸障碍等为学科发展方向，拥有一批热爱医疗事业、高学历、高素质、高水平的医护人员，可对内科常见急危重症及各种疑难患者进行全方位监护、治疗和抢救。
第三名：南方医科大学南方医院-呼吸内科
南方医科大学南方医院呼吸内科医疗科研水平达国内先进水平，参加了多个全球多中心临床研究，不但对常见病、多发病如哮喘、慢性阻塞性肺疾病、肺部感染、肺部良、恶性肿瘤、各种急慢性呼吸衰竭的诊治摸索出一套成熟的诊疗规范，而且对少见疑难病如：肺栓塞、特发性间质性肺炎、肺泡蛋白沉积症、深部真菌感染、肺曲霉菌病、巨细胞病毒肺炎、卡氏肺孢子菌肺炎等呼吸系统疾病，尤其对器官移植后的肺部感染有比较丰富的临床经验。
第四名：广东省人民医院-呼吸内科
广东省人民医院呼吸内科是华南地区最重要的呼吸系统疾病诊治中心之一，部分亚专科项目填补了国内技术空白，尤其在气道介入治疗、睡眠呼吸疾病、慢性阻塞性肺疾病、胸膜疾病、肺癌个体化治疗等方面诊治水平国内领先。所开展的内窥镜介入治疗技术，如治疗气道狭窄的支架技术、处理气道新生物的激光技术、治疗气道慢性狭窄的球囊和探条扩张技术和处理气道大咯血的气道微小球囊置入术、气道腔内超声检查、肺减容、气道瘘封堵技术处于国内领先水平。
第五名：中山大学附属第三医院-呼吸与危重症医学科
中山大学附属第三医院呼吸与危重症医学科，呼吸系统感染性疾病为主要研究方向，针对呼吸与危重症医学科在广东省较好的病原学研究基础，呼吸系统感染性疾病研究正在不断加强。呼吸与危重症医学科已在MRSA致病基因等方面进行了系统地研究，今后将继续重视和深入研究呼吸重症感染性疾病、多器官功能障碍和衰竭的发病机制，逐步完善其治疗方法的研究。
第六名：中山大学孙逸仙纪念医院-呼吸内科
中山大学孙逸仙纪念医院呼吸内科是国内最早开展支气管哮喘系列研究的单位之一，为国内高等医学院校统编教材《内科学》第一第二版支气管哮喘章节的编写单位，为卫生部首批指定接收培养海外留学生的部属院校呼吸内科。最早确立华南地区常见的48种变应原并开展支气管哮喘的免疫脱敏治疗，是华南地区最先开展肺功能检测和纤维支气管镜检查的单位之一，是华南地区最先组建呼吸ICU的单位之一
第七名：南方医科大学珠江医院-呼吸与危重症科
南方医科大学珠江医院呼吸与危重症科在慢性支气管炎、肺气肿、支气管扩张、哮喘、急性呼吸衰竭、慢性肺心病、多脏器衰竭和肺部肿瘤的诊治研究方面获得重要进展。在国内较早开展了气管支架术及气道重建技术，采用氩气刀高颦电刀治疗大气道梗阻、肺癌、大咯血、肺不张病人。在哮喘诊断与治疗方面处于国内先进水平，特别是气道激发试验测定仪，主要用于不典型哮喘的诊断和哮喘疗效的观察，是国内仅有的几台之一。
第八名：广州市第一人民医院-呼吸内科
广州市第一人民医院呼吸内科总结出了一套针对重症肺炎和ARDS行之有效的诊治经验。科室配有多功能呼吸机、无创呼吸机、肺功能仪、多导睡眠监测、内科胸腔镜、电子支气管镜、超声支气管镜以及经纤支镜下微波、激光和射频治疗仪等先进设备。近年来已经成功开展内科胸腔镜诊疗、超声内镜、气道内植入单向活瓣治疗难治性气胸及内科肺减容术、超大容量肺泡灌洗、支气管热成形术治疗难治性哮喘等呼吸系统最新诊疗技术。
第九名：广州医科大学附属第二医院-呼吸内科
广州医科大学附属第二医院呼吸内科由呼吸内科病区、肺功能室、支气管镜室、呼吸睡眠监测室及呼吸专科门诊组成。备有不同种类的重症监护和治疗设施，如多功能呼吸机、多功能监护仪、物理治疗仪、床边血氧监护仪、心电图机、除颤机等。对支气管哮喘、慢性阻塞性肺疾病、肺心病、胸腔积液、支气管扩张、肺炎、自发性气胸、肺栓塞、间质性肺病、胸肺部良恶性肿瘤、慢性咳嗽、睡眠呼吸障碍和呼吸衰竭等呼吸内科疾病的诊治有较高的水平。
第十名：广州军区广州总医院-呼吸与危重症医学科
广州军区广州总医院呼吸与危重症医学科拥有呼吸机、监护仪等配套设施以及多功能肺功能仪、血气分析仪、电子气管镜、胸腔镜、睡眠监测仪等专科设施。对肺部感染性疾病、肺心病和疑难杂症的诊治有较深的造诣，得到医药界同行和广大病友的认可。在黄文杰主任的指导下成功救治全球首例SARS报告病例及38例早期SARS病人的诊治，其救治经验被介绍到全省及全国多家医院。